| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,563,481 | 0 | T | G | 25.0% | 46.2 / 12.0 | 24 | V490G (GTG→GGG) | glpD | aerobic glycerol 3‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/18); new base G (6/0); total (6/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCGCACAAAACAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAGGTCAGA > NC_000913/3563419‑3563543 | tCGCACAAAACAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCtggtgg < 1:1066390/65‑1 (MQ=255) gCACAAAACAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAg < 1:655118/65‑1 (MQ=255) gCACAAAACAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAg < 1:3065342/65‑1 (MQ=255) caAAACAAGGCATGTGGCTAAATNCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGtat < 1:2931565/65‑1 (MQ=255) caAAACAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAGCAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGtat < 1:2028859/65‑1 (MQ=255) aCAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATACgc > 1:989888/1‑65 (MQ=255) cAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACgca < 1:1864235/65‑1 (MQ=255) gCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATAagcagccg > 1:2011044/1‑63 (MQ=255) gCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATACGcagcag > 1:2399802/1‑65 (MQ=255) gCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATACGcagcag > 1:3637085/1‑65 (MQ=255) gCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGAGCGAACGccgcag > 1:2390674/1‑65 (MQ=255) cATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCaga < 1:1013854/65‑1 (MQ=255) tgtgGCTAAATGCGGATCAGCAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCGGAgg < 1:547039/65‑1 (MQ=255) tgtgGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAgg < 1:1766210/65‑1 (MQ=255) tgtgGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAgg < 1:877922/65‑1 (MQ=255) tgtgGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAgg < 1:797003/65‑1 (MQ=255) tgtgGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATAAGCAGCAGAgg > 1:414202/1‑65 (MQ=255) gtgGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGt < 1:1230238/65‑1 (MQ=255) ggCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATAAGCAGCAGAGGGTa > 1:3437250/1‑65 (MQ=255) tGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGAAGACCCAGAAGAGGCTATGGCCgg > 1:1143131/1‑65 (MQ=255) gCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGTATACGCCACAGAGGGTATCGCTggg > 1:1185966/1‑64 (MQ=255) aaTCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATAAGCAGCAGAGGGTATTGCTGGGGGC‑GGAAAtt > 1:1471872/1‑65 (MQ=255) ctcGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATACGCAGCAGAGGGTATCGCTGGGGGCGGTAAATTaa > 1:3108968/1‑65 (MQ=255) ctcGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGGGGATAAGCAGCAGAGGTTGTCGCTGGCGTC‑Gttaattaag > 1:82786/1‑64 (MQ=255) ctcGTGTGAGTCAGTGGCTGGGGGAGGATACGCAGCAGAGGGTATCGCCGGCGTG‑GTAAATTaaa > 1:1947859/1‑64 (MQ=255) tgtgAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTaa < 1:555129/65‑1 (MQ=255) gAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGt < 1:3177128/65‑1 (MQ=255) gAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGt < 1:2494216/65‑1 (MQ=255) gAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGt < 1:3751121/65‑1 (MQ=255) gAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACACAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGt < 1:2580195/65‑1 (MQ=255) gTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGa < 1:1956054/65‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATc < 1:3581274/65‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAgg < 1:1653503/65‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAgg < 1:952033/65‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAgg < 1:1901068/65‑1 (MQ=255) tGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAgg < 1:2406718/65‑1 (MQ=255) cagCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAgg < 1:3563375/63‑1 (MQ=255) ggtggAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAGGTCAGa < 1:2235173/65‑1 (MQ=255) ggtggAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAGGTCAGa < 1:3548602/65‑1 (MQ=255) ggtggAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAGGTCAGa < 1:1514430/65‑1 (MQ=255) | TCGCACAAAACAAGGCATGTGGCTAAATGCGGATCAACAATCTCGTGTGAGTCAGTGGCTGGTGGAGTATACGCAGCAGAGGTTATCGCTGGCGTC‑GTAAATTAACGTAAGGTGATCAGGTCAGA > NC_000913/3563419‑3563543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |