| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,697,740 | 0 | T | G | 27.0% | 72.9 / 16.5 | 37 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | c‑di‑GMP‑binding protein BcsE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/27); new base G (10/0); total (10/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATA > NC_000913/3697676‑3697793 | gCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGt < 1:3094087/65‑1 (MQ=255)gCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGt < 1:493019/65‑1 (MQ=255) cTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCt < 1:2718841/65‑1 (MQ=255) cgcgGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGttt < 1:2406030/65‑1 (MQ=255) cGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGttt < 1:80353/65‑1 (MQ=255) gCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCTGGGGGCTGttt > 1:191112/1‑65 (MQ=255) cTGTGTCGCCCTAACCGTTCCGGCGATATCATCACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTtct < 1:3602257/65‑1 (MQ=255) tgtCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGTTtttctc > 1:1250679/1‑65 (MQ=255) tgtCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTtctctc > 1:3496255/1‑65 (MQ=255) gtCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCa < 1:364465/65‑1 (MQ=255) cccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCt < 1:3140252/65‑1 (MQ=255) ccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGGTTTTCTCATTTTg > 1:353405/1‑65 (MQ=255) ccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGGTTTTCTCATTCtt > 1:1324000/1‑64 (MQ=255) ccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTTTCTCCTTTTg > 1:346510/1‑65 (MQ=255) ccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTCTCTTCTTCTg > 1:1316710/1‑65 (MQ=255) ccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTCTCTCCTTTTg > 1:643592/1‑65 (MQ=255) ccTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCGGGTTTTTTCATTCTg > 1:2010241/1‑65 (MQ=255) ccGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGa < 1:35666/65‑1 (MQ=255) ccGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGa < 1:333236/65‑1 (MQ=255) ccGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGTTTTTCTCATTTTTTCGGa > 1:658904/1‑65 (MQ=255) ccGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGTTTCTCTCATTTTGTCggg > 1:1281632/1‑64 (MQ=255) ccGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGTTTCTCCCTTCCTGTCGGa > 1:2698660/1‑65 (MQ=255) cGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGGTTTTCTCATTCTGTCgggt > 1:1294263/1‑63 (MQ=255) aCCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTCTCTCATTTTTTCGGGTTaa > 1:455393/1‑65 (MQ=255) ccGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTTTCTCATTCTGTCGGGTTAAc > 1:191305/1‑65 (MQ=255) ggCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGa < 1:1395505/65‑1 (MQ=255) ggCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGa < 1:3060478/65‑1 (MQ=255) ggCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGa < 1:2177921/65‑1 (MQ=255) ggCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGa < 1:1742351/65‑1 (MQ=255) ggCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGa < 1:1681643/65‑1 (MQ=255) gCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGAt < 1:1363615/65‑1 (MQ=255) cGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATc < 1:414450/65‑1 (MQ=255) cGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATc < 1:3726980/65‑1 (MQ=255) cGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATc < 1:797269/65‑1 (MQ=255) tgtCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTgg < 1:1188480/63‑1 (MQ=255) tatCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTgg < 1:733279/65‑1 (MQ=255) tatCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTgg < 1:1793186/65‑1 (MQ=255) aCCATTACCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACcgc < 1:2817315/65‑1 (MQ=255) ccATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGTGTTTTTCTCATTCTGTCGGATTAAAGATCTGGATACcgcg > 1:3415037/1‑65 (MQ=255) ccATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGGCGGTTCTCTCATTCTGTCGGGTTAAAGACACGGAAACcgcg > 1:261819/1‑65 (MQ=255) ccATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTTTCTCATTCTGTCGGGTTTACGATATGGGTACcgcg > 1:3499971/1‑65 (MQ=255) ccATTGGCGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTCTCTCCTTCTGTCGGGTTAACGATTTGGGTAcctgt > 1:157893/1‑62 (MQ=255) tGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGa < 1:3452671/65‑1 (MQ=255) tGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGa < 1:2065324/65‑1 (MQ=255) tGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGa < 1:1891304/65‑1 (MQ=255) tGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGa < 1:1491191/65‑1 (MQ=255) aggCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGGTTAACGATCTGGATACCGCGTTGa < 1:3183149/64‑1 (MQ=255) cGGTAATCGGCT‑GGGGCTGTTTCTCTCCTTTTTTCGGGTTTACGATCTGGGTACCGCGGTGGATc > 1:2144520/1‑65 (MQ=255) gTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCat < 1:2171393/65‑1 (MQ=255) gTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCat < 1:70999/65‑1 (MQ=255) tAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCata < 1:823370/65‑1 (MQ=255) | GCCCTGACGCTGTGTCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGCGGTAATCGGCT‑GGTGCTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATACCGCGTTGAATCATA > NC_000913/3697676‑3697793 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |