| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,021,824 | 0 | T | G | 34.8% | 26.4 / 16.1 | 23 | G533G (GGT→GGG) | ubiB | ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/14); new base G (8/0); total (9/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.84e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAA > NC_000913/4021760‑4021882 | gTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggt < 1:708885/65‑1 (MQ=255) acaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAgggggggt > 1:1559509/1‑62 (MQ=255) acaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggggggcg > 1:794737/1‑62 (MQ=255) acaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:2790548/65‑1 (MQ=255) acaGTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:2644187/65‑1 (MQ=255) ttCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGAt < 1:3297735/65‑1 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGGTGATCGcc > 1:771477/1‑65 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGcc > 1:3707655/1‑65 (MQ=255) tgGTCAGCCGGCCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCNGGTGGTCTGATCGCCTgg < 1:2776438/65‑1 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGGTGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTgg < 1:1974295/65‑1 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTgg < 1:2617603/65‑1 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTgg < 1:2901356/65‑1 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGGTTGcccgc > 1:488447/1‑62 (MQ=255) tgGTCAGCCAACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATTGCCTgg < 1:3214001/65‑1 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGtt > 1:52625/1‑65 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGtt > 1:3693663/1‑65 (MQ=255) aTGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCGTGGGTTGTCGGGTGgcgga > 1:3391239/1‑63 (MQ=255) aTGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTTTCGGGTGGCGCa > 1:1236954/1‑65 (MQ=255) aTGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTTGGGTGGGGCa > 1:181191/1‑65 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTCATGGCAGGGGCGCTGATCGCCTCGGTTGCCCGGTGGCGCcaa > 1:3206061/1‑65 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCCGGGTTGTCGGGTGGGGCgaa > 1:3543284/1‑65 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGTTGAACGCCTGGTTTGTTGGGTGGGGCaaa > 1:383109/1‑65 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGGTTGTCGGGTGGGGCAAAaca > 1:2078231/1‑65 (MQ=255) gCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGGTCGCCTGGGTTGTCGGGTGGCGCAAAaccc > 1:3634769/1‑63 (MQ=255) gCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGGTTTTCGGGTGGGGCAAAacac > 1:366821/1‑65 (MQ=37) gATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTGTGATCCCCTGGGTTGTCGTGTGGCGCAAAACACGCt > 1:625437/1‑65 (MQ=255) ttAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCg < 1:2621206/65‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAGAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:2522420/65‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:3420345/65‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:3131255/65‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:1663990/65‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:120220/65‑1 (MQ=255) tAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTATCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGc < 1:2454983/65‑1 (MQ=255) ggCAGGTGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGGTGGCGCCAAAGACGGTGATTTTTTTATTGCTcca > 1:1047174/1‑63 (MQ=255) | GTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAA > NC_000913/4021760‑4021882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |