BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	803,662	C→A	L54I (CTT→ATT)	ybhJ →	putative hydratase YbhJ

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	803,662	0	C	A	98.9%	350.3 / ‑3.0	93	coding (160/2262 nt)	ybhJ	putative hydratase YbhJ
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (40/52); minor base . (0/1); total (40/53)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

AAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803600‑803722

aaaaaGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAAtt                                                            >  1:2444468/1‑65 (MQ=255)

   aaGGCACTATTGCCTGGTCTATTATCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaaa                                                         >  1:2454098/1‑65 (MQ=255)

         cTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAg                                                   <  1:2275088/65‑1 (MQ=255)

               ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                             <  1:458733/65‑1 (MQ=255)

               ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATCAAGTTTGAt                                             <  1:225428/65‑1 (MQ=255)

                cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:518783/1‑65 (MQ=255)

                cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:1494757/1‑65 (MQ=255)

                cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:1889806/1‑65 (MQ=255)

                cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:2913192/1‑65 (MQ=255)

                cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:2696053/1‑65 (MQ=255)

                  ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:544981/1‑65 (MQ=255)

                  ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:121558/1‑65 (MQ=255)

                  ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:3235709/1‑65 (MQ=255)

                  ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          <  1:3431695/65‑1 (MQ=255)

                    tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTATAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2311608/1‑65 (MQ=255)

                    tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:1310208/1‑65 (MQ=255)

                    tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2001731/1‑65 (MQ=255)

                    tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:6935/1‑65 (MQ=255)

                    tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2689570/1‑65 (MQ=255)

                     cTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTa                                       >  1:719844/1‑65 (MQ=255)

                     cTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTa                                       >  1:3716563/1‑65 (MQ=255)

                       aTTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGc                                     <  1:1986800/65‑1 (MQ=255)

                        ttCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGcc                                    <  1:2347423/65‑1 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTACGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:3636283/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:264524/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2794330/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:67379/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2914695/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2354793/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1133449/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1239240/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2963122/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:3064834/1‑65 (MQ=255)

                         tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:3571816/1‑65 (MQ=255)

                          ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  >  1:1308596/1‑65 (MQ=255)

                          ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  >  1:1962557/1‑65 (MQ=255)

                          ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  <  1:552975/65‑1 (MQ=255)

                           tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:1326499/65‑1 (MQ=255)

                           tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:1489037/65‑1 (MQ=255)

                           tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:1077820/65‑1 (MQ=255)

                           tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:3535166/65‑1 (MQ=255)

                              ctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAc                              >  1:1099116/1‑65 (MQ=255)

                               ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACg                             <  1:1862884/65‑1 (MQ=255)

                               ttCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACg                             <  1:2962406/65‑1 (MQ=255)

                                tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:1414713/65‑1 (MQ=255)

                                tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:1093668/65‑1 (MQ=255)

                                aggCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:2799699/63‑1 (MQ=255)

                                 cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTGGCCTCTCACGat                           <  1:3315024/65‑1 (MQ=255)

                                 cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:105508/65‑1 (MQ=255)

                                 cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:3722694/65‑1 (MQ=255)

                                 cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2103841/65‑1 (MQ=255)

                                 cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:1471770/65‑1 (MQ=255)

                                 cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGGTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2817968/65‑1 (MQ=255)

                                      aataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAc                      <  1:1078670/65‑1 (MQ=255)

                                       ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     >  1:441505/1‑65 (MQ=255)

                                       ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:237182/65‑1 (MQ=255)

                                       ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     >  1:3584621/1‑65 (MQ=255)

                                       ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:3432049/65‑1 (MQ=255)

                                         aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:2582311/1‑65 (MQ=255)

                                         aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:942797/1‑65 (MQ=255)

                                         aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:1840171/1‑65 (MQ=255)

                                         aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtg                   >  1:24704/1‑64 (MQ=255)

                                          cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:2574621/1‑65 (MQ=255)

                                          cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:383156/1‑65 (MQ=255)

                                          cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:1375959/1‑65 (MQ=255)

                                          cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  >  1:2100869/1‑65 (MQ=255)

                                            tCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttgt                >  1:2835937/1‑65 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCATGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1088943/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAGGATATTGCCTTTGTTGGt            <  1:3457931/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTTCCTTTGTTGGt            <  1:1090774/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2089517/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:698987/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:645490/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:59091/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:537641/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1210417/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:494130/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3761567/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:301693/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1594822/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3547650/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3239078/65‑1 (MQ=255)

                                                gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:3119958/65‑1 (MQ=255)

                                                 aaaTATGAATAAA‑TTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:2394132/65‑1 (MQ=255)

                                                  aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:3323872/65‑1 (MQ=255)

                                                  aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:3362399/65‑1 (MQ=255)

                                                  aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:1177794/65‑1 (MQ=255)

                                                    tatGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTg        >  1:1662865/1‑65 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:3462354/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:480028/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1374772/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1849571/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2391562/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       >  1:316051/1‑65 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:785088/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2564107/65‑1 (MQ=255)

                                                     atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTATGTTGGTATTGt       <  1:2295287/65‑1 (MQ=255)

                                                       ggATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTAc     >  1:1032806/1‑65 (MQ=255)

                                                          taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  <  1:3092676/65‑1 (MQ=255)

                                                          taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  >  1:1702375/1‑65 (MQ=255)

AAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803600‑803722

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 17 ≤` `ATCG/ATCG` `< 26 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 34 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`