Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 69 [0] | [0] 68 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 57 (1.470) | 30/112 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 | gggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG < 1:836792‑M1/65‑1 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:3188787‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2162448‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2149713‑M1/1‑63 (MQ=255) tGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtata > 1:3236551‑M1/1‑61 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:1248302‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:544259‑M1/65‑7 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 1:999211‑M1/1‑58 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 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aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:3472685‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:3230667‑M1/1‑7 (MQ=255) tAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgc < 1:1638268‑M1/65‑60 (MQ=255) aaaTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgct < 1:1959152‑M1/65‑61 (MQ=255) aTGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctag < 1:2154984‑M1/65‑63 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2511922‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2080159‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:515143‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2836067‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:92368‑M1/1‑2 (MQ=255) | GGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978438‑1978565 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |