| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,203,745 | 0 | T | G | 36.0% | 32.7 / 14.1 | 25 | V1156G (GTC→GGC) | yehI | DUF4132 domain‑containing protein YehI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/14); new base G (9/0); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAGCGCTAATGAGCT > NC_000913/2203684‑2203804 | aaaGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCt > 1:548350/1‑65 (MQ=255) aGTCAGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCa > 1:3387481/1‑65 (MQ=255) gCTATGAGGACGGATTTGTCTATAACTTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGCTTTCACCCGGt < 1:1546489/65‑1 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTGCTTTAGCTTTCTACCggc > 1:1765034/1‑64 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTCAGTTTTCAACCGGt > 1:2217151/1‑65 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGt < 1:1211002/65‑1 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGt > 1:219131/1‑65 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGt < 1:1931466/65‑1 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGt < 1:1458726/65‑1 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCCTTAGATTTCACCCggg > 1:1522658/1‑64 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGGCTTAAGTTTTTATCCggg > 1:745867/1‑64 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGt > 1:2690813/1‑65 (MQ=255) gCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCCTTACGTTTCACCCggg > 1:2163690/1‑64 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGGTTTCACCCGGCTTTAAc > 1:2172657/1‑65 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTTAGTTTTCACCCGGTTTTTAc > 1:1003711/1‑65 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTCAGTTTTCACCCGGGTTTaaa > 1:590002/1‑64 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTCAGGTTTTAACCGGGTTTGAc > 1:3611275/1‑65 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAAc > 1:1199154/1‑65 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGCTTTAAc > 1:3433104/1‑65 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGGGAGTACCGGCTGGTGGTTAAGTTTTTACCCGGtttttaa > 1:582188/1‑62 (MQ=255) aGGACGCATTTGTCTATAACCGGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAATGTTTCACCCGGTTTTAAc > 1:2889854/1‑65 (MQ=255) ggACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAAcc < 1:451970/65‑1 (MQ=255) cGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACt < 1:1739015/65‑1 (MQ=255) cGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACt < 1:263442/65‑1 (MQ=255) cGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACt < 1:1341100/65‑1 (MQ=255) cGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACt < 1:2087656/65‑1 (MQ=255) cGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACt < 1:1847136/65‑1 (MQ=255) tttGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACaa > 1:1604342/1‑65 (MQ=255) acagTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACaa < 1:1973282/62‑1 (MQ=255) tGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTTAGTTTTTCCCCGGTTTTAACCACTATAAtc > 1:1086624/1‑64 (MQ=255) gTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGt > 1:2111987/1‑65 (MQ=255) ataACCTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCCTAAGGTTTAACCCCGCTTTAACCACTACAATGTTGAt > 1:3466966/1‑65 (MQ=255) ccTGGGTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCa > 1:381555/1‑65 (MQ=255) gggTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGGTTTTACCCGGTTTTTACCACTACAATGTTGATAGCAAAg > 1:2329530/1‑65 (MQ=255) ggTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCCCCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAgc < 1:1822758/65‑1 (MQ=255) ggTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAgc < 1:134267/65‑1 (MQ=255) ggTGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTTACCAATACAATGTTGATAGAAAAgc > 1:3302576/1‑65 (MQ=255) agTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAgc < 1:2028167/64‑1 (MQ=255) gTGAGTACCGGCTGGGCCTTTAGTTTTCACCCGGTTTTTAACACTACAATGTTGATAGCAAAacg > 1:3163438/1‑65 (MQ=255) tGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAgcgc > 1:2696349/1‑65 (MQ=255) tGAGTACCGGCTGGGCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAgcgc > 1:639497/1‑65 (MQ=255) gAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTTACCCGGTTTTTACCACTACAATGTTGATAGCAAAGCGCt > 1:1230715/1‑65 (MQ=255) gAGTACCGGCTGGGCCTTAAGGTTTCACCCGGCTTTAACCACCACAATGTTGATAGCAAAGCGCt > 1:3392671/1‑65 (MQ=255) gCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAGCGCTAATGAGCt < 1:2368855/65‑1 (MQ=255) | AAAGGCTGGGAGTCAGGCTATGAGGACGCATTTGTCTATAACCTGGGTGAGTACCGGCTGGTCCTTAAGTTTTCACCCGGTTTTAACCACTACAATGTTGATAGCAAAGCGCTAATGAGCT > NC_000913/2203684‑2203804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |