| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,021,824 | 0 | T | G | 53.8% | 2.3 / 18.6 | 13 | G533G (GGT→GGG) | ubiB | ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/6); new base G (7/0); total (7/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.56e-03 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTC‑GGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGG > NC_000913/4021760‑4021887 | gTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggt > 1:3282195/1‑65 (MQ=255) ggCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGGTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggtgg < 1:538144/65‑1 (MQ=255) acaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggggggcc > 1:1390352/1‑62 (MQ=255) acaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCt < 1:255559/65‑1 (MQ=255) acaTTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCt > 1:952610/1‑65 (MQ=255) ttCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGAt < 1:81190/65‑1 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATTGcc > 1:2420978/1‑65 (MQ=255) tgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTgg < 1:2291798/65‑1 (MQ=255) ggTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGt < 1:1571627/65‑1 (MQ=255) tCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGttt < 1:3468749/65‑1 (MQ=255) cAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGTTGATCGCCCGGGTTg > 1:2109914/1‑65 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGTTTCCCTTGGTTGTCGGGTTGGCGCaa > 1:2736372/1‑65 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGGTTGTT‑GGGTTGGGCaaa > 1:554240/1‑65 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCCCCTGGTCTGTG‑TGTTGGGGCaga > 1:1592764/1‑63 (MQ=255) ggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGTTTGTC‑GGGTGGGGCcaaa > 1:686020/1‑65 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGCTTGTT‑GGTTGGCGCCAAaca > 1:2376604/1‑65 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTTACCGCCCGGTTTGTT‑GGGTGGGGCaaaaaa > 1:1008690/1‑63 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGTGCCGCTGGGTTGTC‑GGTTGGTGCGAAaca > 1:373285/1‑65 (MQ=255) tGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTC‑GGTTGGCGCAAAACACGCTGa < 1:3584994/65‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTGTGATCTCCTGGCTTGTG‑GGATTGCGCGAAACCTGCTGa > 1:83358/1‑65 (MQ=255) gCTGGTTAATGGCAGGGGGGGTGATCGCCTGGGTTGTC‑GGGTGGCGGAAAAACAGCTGAtttttt > 1:3213924/1‑65 (MQ=255) gCAGGGGGGCTGATCGCCCGGTTTGTC‑GGGTGGTGCCAAAAACGCTGGTTTTTTCATCGCTCAAg > 1:1098126/1‑65 (MQ=255) gtggtCTGATCGCCTGGTTTGTC‑GGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCgg > 1:3520479/1‑65 (MQ=255) | GTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTC‑GGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAAGGCGG > NC_000913/4021760‑4021887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |