| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 88 (1.870) | 40/120 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 | ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat > 1:3335686‑M2/64‑65 (MQ=255)ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat > 1:3203411‑M2/64‑65 (MQ=255)ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:1278778‑M2/2‑1 (MQ=255)ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:2710622‑M2/2‑1 (MQ=255)ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:1386509‑M2/2‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:1041008‑M2/5‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:1555801‑M2/5‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:2138094‑M2/5‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:1397286‑M2/5‑1 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCa < 1:3384748‑M2/10‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:3541489‑M2/55‑65 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactacctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:3606341‑M2/55‑65 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg > 1:2078658‑M2/52‑65 (MQ=255) aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg > 1:3862563‑M2/52‑65 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:1250369‑M2/15‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:579593‑M2/15‑1 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGtt < 1:1202801‑M2/16‑1 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:2149466‑M2/49‑65 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:1626715‑M2/49‑65 (MQ=255) atgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:2399644‑M2/21‑1 (MQ=255) atgatattattaattccacggcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:802825‑M2/21‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 1:2900112‑M2/23‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 1:2041815‑M2/23‑1 (MQ=255) gatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 1:118524‑M2/23‑1 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg > 1:1623430‑M2/41‑65 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:1626529‑M2/26‑1 (MQ=255) attaattcgactgcctttggtagaggaaggtggtaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 1:3263421‑M2/29‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 1:1250871‑M2/29‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2542607‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt > 1:2849876‑M2/35‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2987062‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2107412‑M2/31‑1 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt > 1:1382285‑M2/34‑65 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:100882‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2906827‑M2/33‑1 (MQ=255) ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:1757837‑M2/32‑65 (MQ=255) ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa < 1:2339784‑M2/34‑1 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac > 1:340349‑M2/31‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:1315139‑M2/30‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 1:2954339‑M2/36‑1 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact > 1:2858244‑M2/30‑65 (MQ=255) ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact < 1:3482387‑M2/36‑1 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 1:3833672‑M2/37‑1 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac < 1:140713‑M2/38‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:1122087‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:3037042‑M2/39‑1 (MQ=255) tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg > 1:2914699‑M2/26‑65 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:3628936‑M2/42‑1 (MQ=255) tttggtagangaaagtgctnaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 1:857579‑M2/44‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 1:3731624‑M2/44‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 1:1536716‑M2/44‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 1:128502‑M2/44‑1 (MQ=255) ttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACt > 1:152780‑M2/21‑65 (MQ=255) ggtagaggagagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt < 1:1673136‑M2/47‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:3389281‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2842031‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:513337‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:589875‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:860871‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:2005360‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:272126‑M2/18‑65 (MQ=255) agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 1:3192857‑M2/16‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:3196922‑M2/13‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:2515712‑M2/13‑65 (MQ=255) ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 1:1048610‑M2/13‑65 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 1:2366‑M2/12‑65 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 1:3871079‑M2/12‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:774794‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:3090242‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:3161807‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:1538486‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:3834612‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:956550‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:2400968‑M2/11‑65 (MQ=255) gtgctaaATAATACTCAATTGTTAAATTACTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3789390‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:195736‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:466971‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:167621‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3007910‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:125435‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:2810299‑M2/8‑65 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3023430‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg > 1:2865536‑M2/8‑65 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3184208‑M2/58‑1 (MQ=255) tgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa < 1:2913775‑M2/59‑1 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:223832‑M2/6‑65 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:1939070‑M2/6‑65 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:839307‑M2/6‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:842322/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:986975/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:835487/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:1476235/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2061258/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:3605527/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:3537086/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2616513/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:283401/1‑65 (MQ=255) | TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |