Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 310,934 | 0 | A | C | 47.6% | 36.8 / 28.2 | 42 | F135V (TTC→GTC) | ecpR | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/7); new base C (0/20); total (15/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.89e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG > NC_000913/310871‑310998 | tCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAAc < 1:1377493/65‑1 (MQ=255) cATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAAcc > 1:1304798/1‑65 (MQ=255) tGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTg > 1:2895965/1‑65 (MQ=255) ggATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCa > 1:317505/1‑65 (MQ=255) ggATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCa > 1:2496156/1‑65 (MQ=255) ggATAATTTCCATTTCCCCGTCCGGGATTTTATCTTTTTTAATATTTTTTCTCCGGAACCTGccc > 1:812551/1‑64 (MQ=255) ctAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCAtt > 1:104029/2‑65 (MQ=255) tAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTa < 1:2691215/65‑1 (MQ=255) tAATTTCCATTCCCCGGTCCGTGTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTa < 1:1624510/65‑1 (MQ=255) tccattcccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:2719576/65‑1 (MQ=255) tccattcccCGCTCCGTGTTTTTTTTTTTCTAAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:3640784/65‑1 (MQ=255) cccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:3725810/64‑1 (MQ=255) cccatctccGGGGCGGTGATTTTTTCTTTGTTAATTTTTTTTCTCGGAAACCTGCCATTAATcac < 1:1851099/64‑1 (MQ=255) catttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACAt > 1:2724493/1‑65 (MQ=255) catttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACAt > 1:2109300/1‑65 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1975906/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:235620/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTACCATTAATCACATAGa < 1:293017/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1061139/65‑1 (MQ=255) ttccAGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGa < 1:3816361/65‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:2186441/63‑1 (MQ=255) tccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGAc > 1:34432/1‑65 (MQ=255) cccGGTCCGTGTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGAcc < 1:1350763/65‑1 (MQ=255) ggTCCTTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:3147031/65‑1 (MQ=255) ggTCCGTGTTTTTGTCTTTCTTAATTTCTTTCCGAAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:3242204/65‑1 (MQ=255) ggTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:1152584/65‑1 (MQ=255) tCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTc > 1:2786033/1‑65 (MQ=255) gTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCttt < 1:1497309/65‑1 (MQ=255) tttATATTACTAAATATCTTTTCACAGACACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTaa < 1:1029762/65‑1 (MQ=255) tttcttttttAATTTCTTTTCTCAGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:2528457/63‑1 (MQ=255) tctctttcttAATTTCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:2497904/63‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:1579079/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata > 1:598272/1‑65 (MQ=255) aTCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAatat < 1:2008191/65‑1 (MQ=255) aTCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAatat < 1:1944064/65‑1 (MQ=255) tctttcttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATc > 1:2007757/1‑65 (MQ=255) tctttcttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATc > 1:3868649/1‑65 (MQ=255) ctttcttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCa > 1:2126257/1‑65 (MQ=255) gttAATTTCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:4583/64‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:1658876/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:2896490/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:3217449/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGCAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:2928004/65‑1 (MQ=255) tAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTc < 1:1040297/65‑1 (MQ=255) tttCTTTTCTCGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1037340/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:497576/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1073827/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:3890087/63‑1 (MQ=255) tatTTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2608293/65‑1 (MQ=255) tatTTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1520665/65‑1 (MQ=255) tatTTTTCCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2735340/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2520121/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:444608/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2745075/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt > 1:3288299/1‑65 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:551/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCGCGGGAGCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:3529780/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:307594/65‑1 (MQ=255) tatCTTTCCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1487871/65‑1 (MQ=255) tatCTTTCCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:3598796/65‑1 (MQ=255) tCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTcc > 1:3700611/1‑65 (MQ=255) ttttCTCGGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:3256007/65‑1 (MQ=255) ttttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:1367034/65‑1 (MQ=255) ttttCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:3805572/65‑1 (MQ=255) ttttCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:3464411/65‑1 (MQ=255) ttttCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:1388911/65‑1 (MQ=255) tttcCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:1733925/65‑1 (MQ=255) tttcCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:343440/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2862168/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:315162/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:398794/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:239136/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2108333/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2003692/65‑1 (MQ=255) tttCGCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:3770006/65‑1 (MQ=255) tttCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:3756137/65‑1 (MQ=255) tttCCCAGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:3665361/65‑1 (MQ=255) ttcctcAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:3776137/62‑1 (MQ=255) tctcAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGt < 1:2151954/65‑1 (MQ=255) tctcAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGt < 1:1118302/65‑1 (MQ=255) tctcAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGt < 1:1240736/65‑1 (MQ=255) tcAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGtat > 1:1065162/1‑65 (MQ=255) aCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACg > 1:3128199/1‑65 (MQ=255) aCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACg > 1:2238807/1‑65 (MQ=255) | TCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTATACCACG > NC_000913/310871‑310998 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |