| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,655,277 | 0 | A | C | 34.5% | 46.9 / 14.4 | 29 | V209G (GTG→GGG) | yhiD | inner membrane protein YhiD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/3); new base C (0/10); total (16/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGA > NC_000913/3655213‑3655340 | aaTTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCa < 1:2687413/65‑1 (MQ=255) aTTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCAc > 1:3165395/1‑65 (MQ=255) ttccAGGCTTACGGTGAGTCGGGCTCCGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCAcc < 1:1634120/62‑1 (MQ=255) cgggCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGGCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCt < 1:2314298/63‑1 (MQ=255) cGGTGAGTCGGCCTCCCCTCCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCCCCCCTGCCATAcc < 1:545866/65‑1 (MQ=255) ggTGAGTCTGGCTACGCTGCCCCACAGATTAGCTAATTGAAACCCCCTTCACCCCTGCCATAccc > 1:1411681/1‑64 (MQ=255) tGAGTCTGGCTCCGCTGCCACACAGATTAGCTAATTAAAACGCCTTTCCCCCCTGCCATACCttt < 1:1447575/65‑1 (MQ=255) tGAGTCTGGCTACGCTTCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCttt > 1:991558/1‑65 (MQ=255) tCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaat > 1:1679235/1‑65 (MQ=255) tCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaat > 1:3566443/1‑65 (MQ=255) tCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaat > 1:2903122/1‑65 (MQ=255) gCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATc > 1:1468311/1‑65 (MQ=255) cTACCCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAACCGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCg < 1:1617142/65‑1 (MQ=255) cTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACa > 1:1581779/1‑65 (MQ=255) cTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACa > 1:644221/1‑65 (MQ=255) cTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACa > 1:2599292/1‑65 (MQ=255) cTGCCACACAGATTAGCTAATTAAACCCCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACa < 1:853663/65‑1 (MQ=255) cctcactGATTACCTAATTAAACCGCTTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:3895459/62‑1 (MQ=255) ccACACAGATTAGCTAATTGAACCGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:1262192/65‑1 (MQ=255) ccACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCGCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:2837307/65‑1 (MQ=255) ccACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:1502214/65‑1 (MQ=255) ccACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:3986332/65‑1 (MQ=255) ccACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:638491/65‑1 (MQ=255) ccACACAGATTAGCTAATTAAACCCCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:3867578/65‑1 (MQ=255) caacaaaGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGt < 1:785402/63‑1 (MQ=255) ccacaGATTAGCTAATTGAACCGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGtct < 1:2961028/64‑1 (MQ=255) aaaGATTAGCTAATTGAACCCCCTTCCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGtcttc < 1:3319374/63‑1 (MQ=255) caGATTACCTAATTGAAGCGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGtcttct < 1:3698741/65‑1 (MQ=255) aGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTa > 1:295574/1‑65 (MQ=255) aGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTa > 1:2528551/1‑65 (MQ=255) gATTAGCTAATTGAAACCCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTAt < 1:3892020/65‑1 (MQ=255) aGCTAATTGAAGCCCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGAc < 1:592620/65‑1 (MQ=255) aGCTAATTGAACCGCCTTCCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGAc < 1:3311529/65‑1 (MQ=255) aGCTAATGAAACCGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGAc < 1:3746016/65‑1 (MQ=255) tAATTGAACCGCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGtt < 1:3736052/65‑1 (MQ=255) tAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGtt > 1:2685296/1‑65 (MQ=255) tAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGtt > 1:3687928/1‑65 (MQ=255) tAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGtt > 1:2176506/1‑65 (MQ=255) tGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTgg > 1:3576948/1‑65 (MQ=255) tGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTgg > 1:1181874/1‑65 (MQ=255) aCGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCTTg > 1:3658687/1‑65 (MQ=255) gcttttCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGaa < 1:2886877/62‑1 (MQ=255) gCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGaa < 1:644022/65‑1 (MQ=255) gCCTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGaa < 1:297314/65‑1 (MQ=255) gCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGaa > 1:98464/1‑65 (MQ=255) cccTTTCCCCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGaa < 1:33381/64‑1 (MQ=255) tCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTgg < 1:1192209/65‑1 (MQ=255) cACCCCTGCCATATCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGa < 1:1878452/65‑1 (MQ=255) | AATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGA > NC_000913/3655213‑3655340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |