| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 56 [0] | [0] 56 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 49 (1.470) | 28/112 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
GGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978439‑1978565 | ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGt > 1:1277233‑M1/1‑64 (MQ=255)ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGt < 1:209440‑M1/65‑2 (MQ=255)ggCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGt < 1:2195702‑M1/65‑2 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCGATTACTTAACATAAATGta > 1:2008468‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2646133‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2326919‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:2867696‑M1/1‑63 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:2899472‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:2738057‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag > 1:2190171‑M1/1‑59 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt > 1:2958159‑M1/1‑58 (MQ=255) gATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt < 1:1870928‑M1/65‑8 (MQ=255) aTTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtc < 1:460733‑M1/65‑9 (MQ=255) ggataatgcGTGAGGCAGATCACGCGGAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:2580560‑M1/63‑14 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatgct < 1:2082326‑M1/65‑14 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:2309280‑M1/65‑14 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:2116150‑M1/1‑50 (MQ=255) ataatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttt > 1:1938575‑M1/1‑50 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:1270249‑M1/1‑48 (MQ=255) 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tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:189265‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1685318‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:501456‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:1639958‑M1/1‑33 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:1920303‑M1/1‑29 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:1641424‑M1/1‑29 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:423328‑M1/1‑29 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt > 1:2492289‑M1/1‑26 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:2004685‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:2760544‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:2263045‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtctatttcaatctgttaa > 1:2004722‑M1/1‑23 (MQ=255) cTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaa > 1:1427729‑M1/1‑21 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:487469‑M1/65‑48 (MQ=255) aaTTACTTAACATAAATGaataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagt < 1:1518874‑M1/65‑48 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:1546652‑M1/1‑17 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:638205‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:1318719‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:2401640‑M1/1‑14 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:2438370‑M1/1‑12 (MQ=255) cATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctac < 1:937975‑M1/65‑58 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:1105848‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:1427111‑M1/1‑7 (MQ=255) aTAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacg > 1:1442382‑M1/1‑7 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2525803‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:32998‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1579378‑M1/1‑2 (MQ=255) | GGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978439‑1978565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |