New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 1299498	0 (0.000)	60 (1.680)	33/120	0.0	100%	intergenic (+253/‑33)	ychE/insH21	putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator
	?	NC_000913	1300698 =	0 (0.000)					intergenic (+151/‑484)	insH21/oppA	IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein

TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA  >  NC_000913/1300635‑1300762                                                                |                                                                 ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                                                 <  1:1734699‑M2/2‑1 (MQ=255) ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat                                                                 >  1:345377‑M2/64‑65 (MQ=255)    ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat                                                              <  1:1446851‑M2/5‑1 (MQ=255)     tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataata                                                             <  1:2846741‑M2/6‑1 (MQ=255)          aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctagATAATAATCaa                                                        >  1:2932344‑M2/55‑65 (MQ=255)          aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa                                                        >  1:1025532‑M2/55‑65 (MQ=255)          aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa                                                        >  1:843516‑M2/55‑65 (MQ=255)          aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa                                                        >  1:14782‑M2/55‑65 (MQ=255)             aattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg                                                     <  1:2259473‑M2/14‑1 (MQ=255)              attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                                                    <  1:1998440‑M2/15‑1 (MQ=255)              attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt                                                    <  1:1421456‑M2/15‑1 (MQ=255)                tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                                                  >  1:666900‑M2/49‑65 (MQ=255)                tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                                                  >  1:2371285‑M2/49‑65 (MQ=255)                tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa                                                  >  1:2271976‑M2/49‑65 (MQ=255)                 gaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaa                                                 <  1:1002614‑M2/18‑1 (MQ=255)                    atgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt                                              <  1:2986251‑M2/21‑1 (MQ=255) 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                             taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                                    <  1:676863‑M2/31‑1 (MQ=255)                              taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                                    <  1:2278189‑M2/31‑1 (MQ=255)                              taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                                    >  1:901472‑M2/35‑65 (MQ=255)                              taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                                    <  1:1091834‑M2/31‑1 (MQ=255)                              taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                                    <  1:1581266‑M2/31‑1 (MQ=255)                              taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt                                    <  1:188990‑M2/31‑1 (MQ=255)                                attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc                                  <  1:182702‑M2/33‑1 (MQ=255)                                attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc                                  >  1:2183013‑M2/33‑65 (MQ=255)                                 ttccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa                                 >  1:155147‑M2/32‑65 (MQ=255)                                  tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac                                >  1:2125992‑M2/31‑65 (MQ=255)                                  tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac                                >  1:1822223‑M2/31‑65 (MQ=255)                                   ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact                               >  1:1895348‑M2/30‑65 (MQ=255)                                   ccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCact                               >  1:781830‑M2/30‑65 (MQ=255)                                      ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact                            <  1:1699858‑M2/39‑1 (MQ=255)                                      ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact                            <  1:2712089‑M2/39‑1 (MQ=255)                                       tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg                           >  1:542146‑M2/26‑65 (MQ=255)                                        gcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg                          >  1:319748‑M2/25‑65 (MQ=255)                                         cctttgatagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa                         <  1:2471785‑M2/42‑1 (MQ=255)                                          ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa                        >  1:2580942‑M2/23‑65 (MQ=255)                                              ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGt                    <  1:153157‑M2/47‑1 (MQ=255)                                               gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa                   >  1:1177281‑M2/18‑65 (MQ=255)                                                tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa                  <  1:605928‑M2/49‑1 (MQ=255)                                                 agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt                 >  1:2533476‑M2/16‑65 (MQ=255)                                                 agaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt                 >  1:2222637‑M2/16‑65 (MQ=255)                                                    ggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg              <  1:516047‑M2/53‑1 (MQ=255)                                                      aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa            >  1:1560846‑M2/11‑65 (MQ=255)                                                      aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa            >  1:1739059‑M2/11‑65 (MQ=255)                                                      aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa            >  1:1644272‑M2/11‑65 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:2158429‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         >  1:1571717‑M2/8‑65 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:637248‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:1499210‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:77043‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:2175757‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:19784‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                         gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTATGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg         <  1:323346‑M2/58‑1 (MQ=255)                                                           gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt       >  1:586055‑M2/6‑65 (MQ=255)                                                           gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt       >  1:827882‑M2/6‑65 (MQ=255)                                                              aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa    <  1:1296389‑M2/63‑1 (MQ=255)                                                                ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa  >  1:2947607/1‑65 (MQ=255)                                                                ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa  >  1:1944472/1‑65 (MQ=255)                                                                |                                                                 TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA  >  NC_000913/1300635‑1300762

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.