| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 310,934 | 0 | A | C | 46.5% | 38.2 / 35.2 | 44 | F135V (TTC→GTC) | ecpR | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/4); new base C (0/20); total (19/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGT > NC_000913/310871‑310990 | tCATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAAc < 1:2950667/65‑1 (MQ=255) cATGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAAcc > 1:542498/1‑65 (MQ=255) tGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTg > 1:2651418/1‑65 (MQ=255) tGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTg > 1:280255/1‑65 (MQ=255) tGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTg > 1:410001/1‑65 (MQ=255) ggATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCa > 1:2526265/1‑65 (MQ=255) aaTTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTaa > 1:866799/1‑65 (MQ=255) ttccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATca > 1:578104/1‑65 (MQ=255) tccatttccCGGTCCTTTTTTTTATCTTTCTTAATATTTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:1038953/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:1853717/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac > 1:371898/1‑65 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac > 1:2029041/1‑65 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac < 1:15724/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac > 1:152302/1‑65 (MQ=255) tccattcccCGTTCCTTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTGCTCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:817590/65‑1 (MQ=255) catttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACAt > 1:1943742/1‑65 (MQ=255) tttccCGGTCCGCGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAg > 1:2715597/1‑65 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:59480/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTGTTTTGTTTAATATCTTTTCGCGGGAACCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1463501/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATTTCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1353552/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATTTCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1244791/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAGCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1745788/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1343230/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:961151/65‑1 (MQ=255) tccccGGTCGGTGTTTTGATCTTTCTTAATGTCTTTTCTGAGGAACCTGCCATTAATCACATAGa < 1:289597/63‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1849896/63‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGATTTTATTTTTCTTAATTTCTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1271533/63‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATTTCTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1814382/63‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:286006/63‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1013440/63‑1 (MQ=255) tccccGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1831185/63‑1 (MQ=255) tccccGGTATGTGATTTTTTGTTTCTAAATTTTTTGCCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:2187413/63‑1 (MQ=255) ggTCCGTTTTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:972866/65‑1 (MQ=255) ggTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGt > 1:2833666/1‑65 (MQ=255) ccGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCt < 1:226764/65‑1 (MQ=255) gTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCttt < 1:1947274/65‑1 (MQ=255) tGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCtttt < 1:2678564/65‑1 (MQ=255) tATTTTTCTTAATATCTTTTCTCGGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:845230/65‑1 (MQ=255) tATCTTTTTTAATTTCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:2801867/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:2188577/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:1219063/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:644151/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:1025902/65‑1 (MQ=255) ttctttcttAATTCCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAatat < 1:1243544/64‑1 (MQ=255) aTCTTTCTTAATATCTTTCCACAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAatat < 1:1829238/65‑1 (MQ=255) tctttcttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATc < 1:2968943/65‑1 (MQ=255) tctttcttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATc < 1:279734/65‑1 (MQ=255) cttttttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCa > 1:302364/1‑65 (MQ=255) ctttcttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCa > 1:2705522/1‑65 (MQ=255) ctttcttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCa > 1:852203/1‑65 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCGGGAGCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:1132955/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:1832011/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:2575695/65‑1 (MQ=255) attAATATCTTTACTAGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:1682620/64‑1 (MQ=255) ttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACt > 1:2731242/1‑65 (MQ=255) aaTTTCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCa < 1:1482582/65‑1 (MQ=255) aaTTTCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCa < 1:16945/65‑1 (MQ=255) atatCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAg < 1:279237/65‑1 (MQ=255) tttCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1402353/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:256010/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCACAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:594109/63‑1 (MQ=255) tctCTTTTCTGAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2735078/63‑1 (MQ=255) tatTTTTTCCCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2715793/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2939563/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2654379/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1296306/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:761387/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCCCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2803542/65‑1 (MQ=255) tatCTTTCCTCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1119693/65‑1 (MQ=255) catCTTTCCCCGGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:789606/64‑1 (MQ=255) tCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTcc > 1:2483099/1‑65 (MQ=255) tCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTcc > 1:2563179/1‑65 (MQ=255) tCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTcc > 1:475395/1‑65 (MQ=255) ttttCTCAGGCCCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:2319382/65‑1 (MQ=255) ttttCTCAGACCCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:1070232/65‑1 (MQ=255) ttttCTAAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:995980/65‑1 (MQ=255) ttttCTAAGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:1217424/65‑1 (MQ=255) ttttCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:766840/65‑1 (MQ=255) ttttCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:382516/65‑1 (MQ=255) ttttTCGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:82758/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:1421919/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:577956/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:1832322/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2740759/65‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |