Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	803,662	C→A	L54I (CTT→ATT)	ybhJ →	putative hydratase YbhJ

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	803,662	0	C	A	100.0%	300.8 / NA	77	L54I (CTT→ATT)	ybhJ	putative hydratase YbhJ
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (27/50);  total (27/50)

AAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803602‑803722                                                             |                                                             aaaGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaa                                                          >  1:940994/1‑65 (MQ=255)  aaGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaaa                                                         >  1:30802/1‑65 (MQ=255)  aaGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaaa                                                         >  1:508889/1‑65 (MQ=255)   aGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTaaaa                                                        <  1:2720478/65‑1 (MQ=255)         caTTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGt                                                  <  1:2956405/64‑1 (MQ=255)            tGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTg                                               >  1:1839529/1‑65 (MQ=255)              ccTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAt                                             <  1:695806/65‑1 (MQ=255)               cTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAtt                                            >  1:1101971/1‑65 (MQ=255)                tGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTc                                           <  1:357243/65‑1 (MQ=255)                tGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTc                                           <  1:1102441/65‑1 (MQ=255)                tGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTc                                           <  1:234983/65‑1 (MQ=255)                 ggTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          <  1:2549387/65‑1 (MQ=255)                 ggTCTATTCCCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCa                                          >  1:1778801/1‑65 (MQ=255)                   tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2007080/1‑65 (MQ=255)                   tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:607111/1‑65 (MQ=255)                   tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:1920992/1‑65 (MQ=255)                   tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2364494/1‑65 (MQ=255)                   tCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCAtt                                        >  1:2409164/1‑65 (MQ=255)                    cTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTa                                       >  1:1979233/1‑65 (MQ=255)                      aTTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGc                                     <  1:814729/65‑1 (MQ=255)                       ttCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGcc                                    <  1:2529340/65‑1 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGccc                                   >  1:731132/1‑64 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2287872/1‑65 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:471132/1‑65 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2236944/1‑65 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:1944315/1‑65 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:162725/1‑65 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:60820/1‑65 (MQ=255)                        tctctcTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCct                                   >  1:2019164/1‑65 (MQ=255)                         ctctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctc                                  >  1:1542069/1‑65 (MQ=255)                          tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:647266/65‑1 (MQ=255)                          tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:130536/65‑1 (MQ=255)                          tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:1633003/65‑1 (MQ=255)                          tctctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCctct                                 <  1:2973580/65‑1 (MQ=255)                             ctTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCAc                              >  1:1536086/1‑65 (MQ=255)                               tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:2414804/65‑1 (MQ=255)                               tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:2799341/65‑1 (MQ=255)                               tCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGa                            <  1:2202588/65‑1 (MQ=255)                                cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:2425901/65‑1 (MQ=255)                                cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:1933359/65‑1 (MQ=255)                                cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:1750480/65‑1 (MQ=255)                                cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:1702538/65‑1 (MQ=255)                                cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:1434475/65‑1 (MQ=255)                                cGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGat                           <  1:1359846/65‑1 (MQ=255)                                    taataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTa                       >  1:453833/1‑65 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTGcc                     <  1:167685/65‑1 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:1792980/65‑1 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:2277775/65‑1 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:558972/65‑1 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:1305172/65‑1 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAcc                     <  1:790704/65‑1 (MQ=255)                                      ataCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTAca                     >  1:963489/1‑64 (MQ=255)                                        aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:1095198/1‑65 (MQ=255)                                        aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:2172482/1‑65 (MQ=255)                                        aCGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCtt                   >  1:162268/1‑65 (MQ=255)                                         cGTCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCttt                  <  1:1583481/65‑1 (MQ=255)                                           tCCGGAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTttgt                >  1:1673201/1‑65 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2423308/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1031830/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1380134/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:642043/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:599323/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:170121/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2516832/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2075031/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2190962/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2322447/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:1731667/65‑1 (MQ=255)                                               gAAATATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGt            <  1:2247727/65‑1 (MQ=255)                                                 aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:2137426/65‑1 (MQ=255)                                                 aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:2186205/65‑1 (MQ=255)                                                 aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:807558/65‑1 (MQ=255)                                                 aaTATGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTAt          <  1:1153893/65‑1 (MQ=255)                                                    atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1402573/65‑1 (MQ=255)                                                    atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1007008/65‑1 (MQ=255)                                                    atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:1316446/65‑1 (MQ=255)                                                    atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:580392/65‑1 (MQ=255)                                                    atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:2021761/65‑1 (MQ=255)                                                    atGGATAAAATTAAAATTAAGTTTGAGTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGt       <  1:705978/65‑1 (MQ=255)                                                         taaaattaaaatTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGa  <  1:64574/65‑1 (MQ=255)                                                             |                                                             AAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGA  >  NC_000913/803602‑803722

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑