| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,021,824 | 0 | T | G | 58.3% | ‑2.6 / 14.1 | 12 | G533G (GGT→GGG) | ubiB | ubiquinone biosynthesis protein UbiB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/5); new base G (7/0); total (7/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.38e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAA > NC_000913/4021760‑4021882 | gTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAggt > 1:929747/1‑65 (MQ=255) ttCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGAt < 1:1993685/65‑1 (MQ=255) cTTGTTGGTCAGCCGTCCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCg < 1:3413519/65‑1 (MQ=255) tgttgGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGGTGATCGcc > 1:3308980/1‑65 (MQ=255) ggTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGt < 1:2826803/65‑1 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGGGTGATGGCCTgggt > 1:1674269/1‑63 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGGTCGCCTGGtt > 1:3521698/1‑65 (MQ=255) gTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCgggt > 1:655920/1‑63 (MQ=255) cGACCTGCATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCgg < 1:1696784/65‑1 (MQ=255) tGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGTTTGTCGGGTggg > 1:3465858/1‑64 (MQ=255) tGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGTCTGATCGCCTGGTTTGTTGGTTGgcgcga > 1:3569859/1‑63 (MQ=255) gggggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGGTTGTTGGGTGGGGCaaa > 1:2924010/1‑65 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGGGCaaaaaa > 1:1626152/1‑63 (MQ=255) ggCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGGTTTTCGGGTGGGGCCAAaca > 1:3819346/1‑65 (MQ=255) tGCGCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGa < 1:1433030/65‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGa < 1:3043105/65‑1 (MQ=255) tGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGGTGGCGCAAAAAACGCCGa > 1:3471094/1‑65 (MQ=255) tGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGATGGATGCTGGGCTTGTCGGTGGGGGCCAAAAACGcggg > 1:1956449/1‑62 (MQ=255) cccGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACAAGCTGGtt > 1:1810497/1‑65 (MQ=255) cccGGCTGGTTAATGGCAGGGGGGCTGATCGCCCGGTTTGTCGGGTGGCGCGAAAAACGCTGAtt > 1:2955813/1‑65 (MQ=255) ggCAGGGGGGCTGATCGCCTGGGTTGTCGGGTGGGGCAAAACACGCTGATTTTTTTATCGCTCaa > 1:1265292/1‑65 (MQ=255) | GTGGCACATTCTTGTTGGTCAGCCGACCTGAATGGGGGCTGATGCCCGGCTGGTTAATGGCAGGTGGTCTGATCGCCTGGTTTGTCGGTTGGCGCAAAACACGCTGATTTTTTCATCGCTCAA > NC_000913/4021760‑4021882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |