New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 54 (1.300) | 31/120 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 | ttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaat < 1:3024606‑M2/2‑1 (MQ=255) tgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata < 1:1060645‑M2/3‑1 (MQ=255) gctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa < 1:2132984‑M2/4‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataat < 1:224692‑M2/5‑1 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 1:1809678‑M2/7‑1 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:2070297‑M2/55‑65 (MQ=255) aataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCaa > 1:3447795‑M2/55‑65 (MQ=255) ataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAAt > 1:2747719‑M2/54‑65 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGt < 1:3089153‑M2/15‑1 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTa > 1:343029‑M2/49‑65 (MQ=255) atgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatt < 1:1410760‑M2/21‑1 (MQ=255) tgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta > 1:589599‑M2/44‑65 (MQ=255) tgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta > 1:1123803‑M2/44‑65 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg > 1:2711209‑M2/41‑65 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:1217601‑M2/26‑1 (MQ=255) attattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtgt < 1:364036‑M2/26‑1 (MQ=255) tattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc < 1:553133‑M2/28‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 1:1796177‑M2/29‑1 (MQ=255) ttaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt > 1:2604716‑M2/36‑65 (MQ=255) taattccactgcctttggtaggggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1705911‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:1804889‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:530141‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:2040177‑M2/31‑1 (MQ=255) taattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAtt < 1:70779‑M2/31‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:265362‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:2372793‑M2/33‑65 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc > 1:988082‑M2/33‑65 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:1720095‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2151141‑M2/33‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 1:2198417‑M2/33‑1 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac > 1:3404613‑M2/31‑65 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCacta < 1:3472869‑M2/37‑1 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactac > 1:117919‑M2/28‑65 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTGTTGTGCATTTCactact < 1:1051570‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:2083799‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:1603797‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:3080947‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact < 1:801544‑M2/39‑1 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGa < 1:2958223‑M2/42‑1 (MQ=255) ctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:983695‑M2/23‑65 (MQ=255) tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTg < 1:3122236‑M2/46‑1 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:1291752‑M2/18‑65 (MQ=255) gtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTa > 1:1809781‑M2/18‑65 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 1:336868‑M2/49‑1 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 1:3299282‑M2/49‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:2054511‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:2182685‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:480270‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:785568‑M2/11‑65 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGAGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaa > 1:3290628‑M2/11‑65 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:3005871‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAg < 1:284623‑M2/58‑1 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:1066994‑M2/6‑65 (MQ=255) gctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGAt > 1:3234658‑M2/6‑65 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAg < 1:1959189‑M2/62‑1 (MQ=255) aaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 1:141383‑M2/63‑1 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:1523359/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:421459/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:1855899/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:1880836/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2685239/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2567268/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2467378/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2304929/1‑65 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACa > 1:2213305/1‑65 (MQ=255) | TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACA > NC_000913/1300635‑1300762 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |