| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 95,903 | 0 | A | C | 30.6% | 61.8 / 13.2 | 36 | K418N (AAA→AAC) | murF | D‑alanyl‑D‑alanine‑adding enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/17); new base C (11/0); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.46e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGG > NC_000913/95839‑95967 | tCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTaaa < 1:1211277/65‑1 (MQ=255) aGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAAtt < 1:867186/65‑1 (MQ=255) gCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTa > 1:3008658/1‑65 (MQ=255) gCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTa > 1:3270660/1‑65 (MQ=255) aCCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACt > 1:1080635/1‑65 (MQ=255) gcggcgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCt < 1:2527142/65‑1 (MQ=255) gcggcgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCt < 1:3464500/65‑1 (MQ=255) ggcgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGa > 1:3071628/1‑65 (MQ=255) cgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGc > 1:1177736/1‑65 (MQ=255) cgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGc > 1:401009/1‑65 (MQ=255) cgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGc < 1:2294468/65‑1 (MQ=255) cgTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGc < 1:3442251/65‑1 (MQ=255) tGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAAc < 1:3016586/65‑1 (MQ=255) tGGCGAACATTTTGCTGAGAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAAc < 1:723616/65‑1 (MQ=255) cATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAAt < 1:3314632/65‑1 (MQ=255) aTTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAAtt > 1:2844804/1‑65 (MQ=255) aTTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAAtt > 1:3397701/1‑65 (MQ=255) aTTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAAtt > 1:765607/1‑65 (MQ=255) aTTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATCACTGATTGCTGAGCAACAGGTAAtt > 1:214904/1‑65 (MQ=255) gCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGAt > 1:3066813/1‑65 (MQ=255) gCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGAt < 1:3209135/65‑1 (MQ=255) gCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTCAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGAt > 1:1305721/1‑65 (MQ=255) cTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGAtt > 1:519681/1‑65 (MQ=255) tAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTTCTGAGCTACAGGTAATTACGATTTTAg < 1:2215721/65‑1 (MQ=255) tAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAg < 1:1593757/65‑1 (MQ=255) tAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAg < 1:2971182/65‑1 (MQ=255) aaaCTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGtt > 1:884427/1‑65 (MQ=255) cTGCGTTAATTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAg > 1:2073614/1‑65 (MQ=255) cTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTCAg > 1:240560/1‑65 (MQ=255) gCGTTTATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAggg < 1:2450635/65‑1 (MQ=255) gCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAggg < 1:556454/65‑1 (MQ=255) gCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAggg < 1:678080/65‑1 (MQ=255) gCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAggg < 1:2826076/65‑1 (MQ=255) gCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAggg < 1:1630676/65‑1 (MQ=255) aaTTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCAc < 1:2074862/65‑1 (MQ=255) aaTTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCAc < 1:1469222/65‑1 (MQ=255) aTTACGCGTCTTAACTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACg > 1:2751335/1‑65 (MQ=255) cgcgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGtctg > 1:1323721/1‑62 (MQ=255) cgcgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGt < 1:517349/65‑1 (MQ=255) cgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTgc > 1:1784585/1‑65 (MQ=255) cgTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTgc > 1:1152828/1‑65 (MQ=255) tAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCa > 1:2576750/1‑65 (MQ=255) aTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg < 1:2646606/65‑1 (MQ=255) aTTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATgg < 1:2153402/65‑1 (MQ=255) | TCAGCACCGCCAGCGGCGTTGGCGAACATTTTGCTGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGG > NC_000913/95839‑95967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |