| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 310,934 | 0 | A | C | 47.8% | 16.5 / 13.3 | 23 | F135V (TTC→GTC) | ecpR | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/4); new base C (0/11); total (8/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTAT > NC_000913/310874‑310992 | tGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTg > 1:1940153/1‑65 (MQ=255) ggATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCa > 1:2340666/1‑65 (MQ=255) aaTTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTaa > 1:1910767/1‑65 (MQ=255) tttccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATc > 1:780789/1‑65 (MQ=255) tcctttcccCGGTCCGTAATTTTCTCTTTCTTAACACCTTTTCTCAGAAACCTGCCATTAATcac < 1:34475/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCTTGTTTTTATTTTTTTTAATATCTTTTCTCAGAAACCTGCCATTAATcac < 1:306396/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATCTTTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:2311352/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATTTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATcac < 1:3068630/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac > 1:770931/1‑65 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac < 1:3136511/65‑1 (MQ=255) tccatttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac > 1:2135680/1‑65 (MQ=255) tccattgccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATcac < 1:1937589/65‑1 (MQ=255) ttccGGGTCCTTGATTTTTTCTTTCTTAATATCTGTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:3305300/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCTTGCTTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCGCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:3376872/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:2560340/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:2028474/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:1596108/65‑1 (MQ=255) ttccCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGa < 1:47926/65‑1 (MQ=255) ggTCGGTAATTGTTTCTTTCTTAATATCTTTTCTCGGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:919270/65‑1 (MQ=255) ggTCCGTGATTTTATTTTCCTTAATGTTTTTTCGGAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:360901/65‑1 (MQ=255) ggTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCCCGGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGt < 1:1873649/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:1439370/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:2382780/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:1200294/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:214279/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:2990491/65‑1 (MQ=255) tATCTTTCTTAATATCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAata < 1:706934/65‑1 (MQ=255) ttcttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACg < 1:672927/65‑1 (MQ=255) ttcttAATATCTTTGCCCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACg < 1:767619/65‑1 (MQ=255) tttAATTTTTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:202848/64‑1 (MQ=255) cttAATATTTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:2670/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:2886258/65‑1 (MQ=255) cttAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGAc < 1:3235407/65‑1 (MQ=255) aaTATCTTTTCTAAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCa < 1:2409074/65‑1 (MQ=255) tttCTTTTCTCGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:276734/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:42524/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2746741/63‑1 (MQ=255) tttCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:508393/63‑1 (MQ=255) tatTTTTTCTAAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1406834/65‑1 (MQ=255) tatTTTTCCCCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:804576/65‑1 (MQ=255) tatTTTCTCCCAGAACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1593367/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCGGGCCCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:485403/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2594713/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2063433/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2444002/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt > 1:3106611/1‑65 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2431262/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTCAGAAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:3013782/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCTAAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:2913072/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:1525648/65‑1 (MQ=255) tatCTTTTCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGt < 1:274383/65‑1 (MQ=255) tCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTcc > 1:1382069/1‑65 (MQ=255) tCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTcc > 1:1555090/1‑65 (MQ=255) ttttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:2460467/65‑1 (MQ=255) ttttCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:3413180/65‑1 (MQ=255) ttttCTAGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:1226599/65‑1 (MQ=255) ttttCCCAGGCCCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:3289857/65‑1 (MQ=255) tttaCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAg < 1:3166762/65‑1 (MQ=255) tttCTCGGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2592318/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:428443/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2016917/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:3226241/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:1417517/65‑1 (MQ=255) tttCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:1759884/65‑1 (MQ=255) tttCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:2536280/65‑1 (MQ=255) tttCCCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGc < 1:1014096/65‑1 (MQ=255) ttCTCAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCg < 1:639018/65‑1 (MQ=255) tctcAGGCCCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGt < 1:2813767/65‑1 (MQ=255) tctcAGGACCCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGt < 1:2378335/65‑1 (MQ=255) tctcAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGt > 1:100966/1‑65 (MQ=255) tcAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGtat > 1:739177/1‑65 (MQ=255) | TGCGGATAATTTCCATTTCCCGGTCCGTGATTTTATCTTTCTTAATATCTTTTCTCAGGAACCTGCCATTAATCACATAGACCAGTTCTTTTCTAATATCACGACTCAGTCCAGCGTAT > NC_000913/310874‑310992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |