| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,927,854 | 0 | A | C | 46.2% | 15.9 / 17.3 | 26 | V329G (GTG→GGG) | ptrB | oligopeptidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/7); new base C (0/12); total (7/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTC > NC_000913/1927791‑1927918 | aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:1266307/1‑65 (MQ=255)aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:2892848/1‑65 (MQ=255)aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:3035322/1‑65 (MQ=255)aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:1445225/1‑65 (MQ=255)aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:1317774/1‑65 (MQ=255)aCTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAaccac > 1:1308757/1‑65 (MQ=255) gttttGCGTTTAATTTGGCCAAAATTGGTAACCCCGCGCTGCCGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTc < 1:1505327/62‑1 (MQ=255) tCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCg > 1:715284/1‑65 (MQ=255) cTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCgg < 1:2742685/65‑1 (MQ=255) cTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCgg > 1:2101578/1‑65 (MQ=255) cTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCgg > 1:886078/1‑65 (MQ=255) ttttttGGCAAAAACTGGTTACCCCGCGCTGCCGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:2726299/62‑1 (MQ=255) tAATTTGGGGCAGGCTGGTTACCGCGCGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:2426470/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGGGCAAACTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1352971/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGCAACCTGTTTACCCCGCGCTGCCGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:952323/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGCAAACTGTTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1620014/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGCAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:3375593/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGCAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1157444/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGCAAACTGGTAACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1658802/65‑1 (MQ=255) tAATTTGGCGAAAACTGGTAAACCCGCCCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1691713/65‑1 (MQ=255) tAATTGGGCGCAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1829669/65‑1 (MQ=255) tAATTGGCCGCAAACGGTTTACCCCGCCCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:1520358/65‑1 (MQ=255) aaaTTTGGCGCAAATTGGTTACCCCGCGCTGCCGTTCTTCATCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGc < 1:845232/64‑1 (MQ=255) aaTTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCg < 1:2273346/65‑1 (MQ=255) gcgcAAACTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAcc < 1:3190017/65‑1 (MQ=255) gcgcAAACTGTTTACCCCGCGCTGACGCTCTCCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAcc < 1:703624/65‑1 (MQ=255) ccgcAACCTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAcc < 1:2836999/64‑1 (MQ=255) ccgcAAACTGTTTACCCCGCGCGGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAcc < 1:337411/64‑1 (MQ=255) cgcAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAccc < 1:216587/65‑1 (MQ=255) gcAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCt < 1:2230308/65‑1 (MQ=255) gcAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCt < 1:2932973/65‑1 (MQ=255) gcAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAAcctt > 1:2331128/1‑63 (MQ=255) ccAAACTGGTTACCCCGCGCTGACGCTCTTCACCCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCt < 1:1846406/64‑1 (MQ=255) gaCTGGTTAACCCGCGCGGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTcc < 1:267025/64‑1 (MQ=255) cTGGTTGACCCGCGCTGCCGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAg < 1:3223776/65‑1 (MQ=255) ttAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCatg > 1:419576/1‑65 (MQ=255) accccGCGCTGCCCCTCTTCACCCCCAAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCatgat < 1:1880170/63‑1 (MQ=255) aCCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCatgatg > 1:84833/1‑65 (MQ=255) cccGCGCTGACGCTCTTCAACCCCCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGt < 1:2631265/65‑1 (MQ=255) ccGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGtt > 1:2804125/1‑65 (MQ=255) gcTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTcg > 1:992891/1‑65 (MQ=255) tGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTcgcg > 1:740868/1‑65 (MQ=255) gCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGc < 1:219151/65‑1 (MQ=255) ctTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGa < 1:3316486/65‑1 (MQ=255) ttCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGaa < 1:2651101/65‑1 (MQ=255) accaccAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTaa > 1:2432262/1‑65 (MQ=255) caccaGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAAct > 1:3188711/1‑65 (MQ=255) accaGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAActc < 1:3187459/65‑1 (MQ=255) | ACTTCCCGGGTCTTGCGGTTAATTTGGCGCAAACTGGTTAACCCGCGCTGACGCTCTTCAACCACCAGCCAGTCGGTAAACAGCGTAAACCCTTCCAGCATGATGTTTTCGCGTGGCGGAATTAACTC > NC_000913/1927791‑1927918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |