Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 64 [0] | [0] 64 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 52 (1.430) | 23/112 | 0.1 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
GCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978440‑1978565 | gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:1269699‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:577241‑M1/1‑63 (MQ=255) gCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGta > 1:527358‑M1/1‑63 (MQ=255) gCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa > 1:472454‑M1/1‑60 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:1118923‑M1/65‑7 (MQ=255) cGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataag < 1:469409‑M1/65‑7 (MQ=255) cAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:3192299‑M1/65‑14 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:257211‑M1/1‑48 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:83391‑M1/1‑48 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:1648601‑M1/1‑48 (MQ=255) aatGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttg > 1:2416926‑M1/1‑48 (MQ=255) atGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt < 1:2977000‑M1/65‑19 (MQ=255) gTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg > 1:1274651‑M1/1‑43 (MQ=255) gTGATGCAAATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg > 1:2672615‑M1/1‑43 (MQ=255) aTGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggt < 1:2223099‑M1/65‑26 (MQ=255) gCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgt > 1:252042‑M1/1‑38 (MQ=255) gCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgt > 1:94552‑M1/1‑38 (MQ=255) gCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgt > 1:401750‑M1/1‑38 (MQ=255) gCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgt > 1:3237869‑M1/1‑38 (MQ=255) 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tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:582923‑M1/1‑33 (MQ=255) tCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttc > 1:960147‑M1/1‑33 (MQ=255) acacaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaa > 1:76994‑M1/1‑31 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:2912398‑M1/1‑29 (MQ=255) acaAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatc > 1:2688732‑M1/1‑29 (MQ=255) caAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatct > 1:1708644‑M1/1‑28 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt < 1:2710506‑M1/65‑40 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt < 1:980684‑M1/65‑40 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt < 1:1040029‑M1/65‑40 (MQ=255) aaaCACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgt > 1:2212676‑M1/1‑26 (MQ=255) acacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgtta > 1:3187115‑M1/1‑24 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:1464046‑M1/1‑23 (MQ=255) cacTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaa > 1:669654‑M1/1‑23 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatccttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:1947133‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:2274572‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtt > 1:1761563‑M1/1‑17 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:2710704‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:767751‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:649703‑M1/1‑14 (MQ=255) aCTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagttttt > 1:2737449‑M1/1‑14 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg < 1:1703783‑M1/65‑54 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:1520166‑M1/1‑12 (MQ=255) ttAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcg > 1:1254969‑M1/1‑12 (MQ=255) cATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctac < 1:193457‑M1/65‑58 (MQ=255) cATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctac < 1:555288‑M1/65‑58 (MQ=255) cATAAATGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctac < 1:1415410‑M1/65‑58 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:514981‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1956753‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1666670‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2063952‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2279711‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:2349000‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:834807‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggtgtatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:242576‑M1/1‑2 (MQ=255) tGtataagtcatacttttgttttgggagcatttcaatctgttaaaaagtttttcgctacgctagc > 1:1921893‑M1/1‑2 (MQ=255) | GCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > NC_000913/1978440‑1978565 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |