| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,619,256 | T→C | 100% | L46P (CTC→CCC) | marR → | DNA‑binding transcriptional repressor MarR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,619,256 | 0 | T | C | 100.0% | 314.7 / ‑6.7 | 79 | L46P (CTC→CCC) | marR | DNA‑binding transcriptional repressor MarR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (42/36); total (42/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCG > NC_000913/1619160‑1619349 | tGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGtgccct < 1:136089/99‑1 (MQ=255) ggTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGtgccctgc > 1:1809954/1‑99 (MQ=255) tCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGtgccctgctc < 1:442075/99‑1 (MQ=255) cGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTgccctgctct < 2:715990/99‑1 (MQ=255) gCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTa > 2:1011560/1‑99 (MQ=255) cTTAGTCCATATAGTTAATCAGAAAAATTGTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTTGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTAt < 2:1973855/99‑1 (MQ=255) cTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTAt < 2:1748127/99‑1 (MQ=255) cTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTAt > 2:563872/1‑99 (MQ=255) cTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTAt > 2:198660/1‑99 (MQ=255) cTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTAt < 2:2245502/99‑1 (MQ=255) ttAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATc < 1:2075617/99‑1 (MQ=255) ttAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATc > 1:13963/1‑99 (MQ=255) aTCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGc > 2:975880/1‑99 (MQ=255) aTCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGc > 2:1205391/1‑99 (MQ=255) tCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCt > 1:1833389/1‑99 (MQ=255) ccATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTg > 1:1335277/1‑99 (MQ=255) tatGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTgcgc > 1:288666/1‑99 (MQ=255) tGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCgcgg > 1:796412/1‑99 (MQ=255) tGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCgcgg > 1:854290/1‑99 (MQ=255) tGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCgcgg > 2:542815/1‑99 (MQ=255) tGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCgcgg < 2:1203065/99‑1 (MQ=255) ggTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCgcggc > 1:1716824/1‑99 (MQ=255) gTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCgcggcg < 1:127742/99‑1 (MQ=255) ttAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCgt > 2:754499/1‑99 (MQ=255) ttAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCgt < 1:1178951/99‑1 (MQ=255) tAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCgtg > 2:1158586/1‑99 (MQ=255) aTCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGGTATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTa < 2:127445/99‑1 (MQ=255) aTCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTa > 2:464890/1‑99 (MQ=255) cAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTAtt > 1:1730939/1‑99 (MQ=255) agaagaAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTa < 2:1103422/99‑1 (MQ=255) gaagaaAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTAc < 2:186141/99‑1 (MQ=255) gaagaaAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTAc < 2:1175882/99‑1 (MQ=255) gaagaaAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTAc < 1:496181/99‑1 (MQ=255) aagaaacaTCTCCTGCTTAACGAGTATCTTTCTCCGCTTCATATTACCGCTTCACAGTTTAATGTGCCCTTCTCTATCCGCTGCTCGGCCTGTATTACt < 2:336003/99‑1 (MQ=255) agaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTc > 1:1125463/1‑99 (MQ=255) agaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTc > 1:1201942/1‑99 (MQ=255) gaaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTcc > 2:1876057/1‑99 (MQ=255) aaagaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCg < 2:1855089/99‑1 (MQ=255) agaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGt > 2:621891/1‑99 (MQ=255) agaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGt < 1:1639940/99‑1 (MQ=255) agaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGt > 2:1482576/1‑99 (MQ=255) gaTCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGtt > 1:89860/1‑99 (MQ=255) tCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGa > 1:1914241/1‑99 (MQ=255) tCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGa > 2:582212/1‑99 (MQ=255) gCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAAc < 2:921954/99‑1 (MQ=255) gCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaa > 1:1582947/1‑99 (MQ=255) gCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaa > 1:1471255/1‑99 (MQ=255) ttAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaaaa < 1:2270803/99‑1 (MQ=255) tAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGaaaaa < 1:2311219/99‑1 (MQ=255) aaCGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAg < 1:2587/99‑1 (MQ=255) aaCGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAg > 2:1029327/1‑99 (MQ=255) aCGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAgg < 2:449665/99‑1 (MQ=255) aCGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAgg < 2:175448/99‑1 (MQ=255) cGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGt < 2:18402/99‑1 (MQ=255) aGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTAt > 2:701549/1‑99 (MQ=255) gTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTAtt > 2:2098697/1‑99 (MQ=255) tATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTg < 2:2225880/99‑1 (MQ=255) aTCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgt < 1:1963416/99‑1 (MQ=255) tCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtc < 2:1466924/99‑1 (MQ=255) tCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTgtc > 1:756738/1‑99 (MQ=255) tcCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGa > 1:1519048/1‑99 (MQ=255) tcCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGa > 2:592657/1‑99 (MQ=255) ccGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGAc < 1:1074627/99‑1 (MQ=255) cGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGAcc > 2:550093/1‑99 (MQ=255) tGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTgg > 1:37255/1‑99 (MQ=255) ggATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTggg < 1:355575/99‑1 (MQ=255) gATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGa < 2:1909941/99‑1 (MQ=255) gATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGa > 2:85750/1‑99 (MQ=255) ttACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCAc < 2:860618/99‑1 (MQ=255) cgcgGCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGAc < 2:1888934/99‑1 (MQ=255) gCACAGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGt > 1:543207/1‑99 (MQ=255) cacaGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTa < 2:1061671/99‑1 (MQ=255) caGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATg < 1:151543/99‑1 (MQ=255) caGTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATg > 1:2044861/1‑99 (MQ=255) gTTTAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTTTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCGGTATGCt > 2:1404702/1‑99 (MQ=255) tttAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTg > 1:43559/1‑99 (MQ=255) tAAGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGa < 1:197465/99‑1 (MQ=255) aaGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGAt < 1:1648551/99‑1 (MQ=255) aaGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGAt < 1:1922215/99‑1 (MQ=255) aaGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGAt < 2:1619017/99‑1 (MQ=255) aaGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGAt > 1:1403392/1‑99 (MQ=255) aGGTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATc < 2:226726/99‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCg > 2:1768857/1‑99 (MQ=255) | TGGGTCGCTTAATCCATATGGTTAATCAGAAGAAAGATCGCCTGCTTAACGAGTATCTGTCTCCGCTGGATATTACCGCGGCACAGTTTAAGGTGCTCTGCTCTATCCGCTGCGCGGCGTGTATTACTCCGGTTGAACTGAAAAAGGTATTGTCGGTCGACCTGGGAGCACTGACCCGTATGCTGGATCG > NC_000913/1619160‑1619349 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |