Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,163,048 | T→C | 100% | L58P (CTT→CCT) | baeS → | sensory histidine kinase BaeS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,163,048 | 0 | T | C | 100.0% | 317.1 / NA | 78 | L58P (CTT→CCT) | baeS | sensory histidine kinase BaeS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (35/43); total (35/43) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATT > NC_000913/2162953‑2163143 | tATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTgg > 1:2080801/1‑99 (MQ=255) ggCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATTAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTa < 2:792436/99‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTa < 2:1975169/99‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTa < 2:630375/99‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTa < 1:1689895/99‑1 (MQ=255) ggTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATgc < 1:1426616/99‑1 (MQ=255) tATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCgcagca > 1:1279827/1‑99 (MQ=255) tATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCgcagca < 2:630176/99‑1 (MQ=255) tATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCgcagca < 1:346518/99‑1 (MQ=255) aTCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCAt < 1:419080/99‑1 (MQ=255) cAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATgg < 1:1936887/99‑1 (MQ=255) aGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGc < 1:510881/99‑1 (MQ=255) aGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGc < 1:566579/99‑1 (MQ=255) gTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCa > 2:2308824/1‑99 (MQ=255) tttGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAAc > 1:2316348/1‑99 (MQ=255) ttGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACt < 1:1126097/99‑1 (MQ=255) ttGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACt < 1:798997/99‑1 (MQ=255) gAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTgg < 2:1213916/99‑1 (MQ=255) aGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGgc > 2:191858/1‑99 (MQ=255) gCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGgcg > 2:1605539/1‑99 (MQ=255) gCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTcc < 2:1081347/99‑1 (MQ=255) gCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTcc < 1:988939/99‑1 (MQ=255) cTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCt < 2:1447947/99‑1 (MQ=255) tATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTgcg > 1:1910633/1‑99 (MQ=255) aTTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaaca > 2:300359/1‑99 (MQ=255) aTTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaaca > 2:524794/1‑99 (MQ=255) aTTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaaca > 1:719522/1‑99 (MQ=255) ttACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaacaa > 2:1966007/1‑99 (MQ=255) ttACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaacaa < 2:1918250/99‑1 (MQ=255) ttACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaacaa < 1:891580/99‑1 (MQ=255) ttACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGcaacaa < 2:2081447/99‑1 (MQ=255) tACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAAt < 1:31841/99‑1 (MQ=255) cATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGa < 2:1883266/99‑1 (MQ=255) cATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGa > 1:84684/1‑99 (MQ=255) cATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGa > 1:1541773/1‑99 (MQ=255) tCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATc > 2:1447268/1‑99 (MQ=255) cAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCg < 1:28252/99‑1 (MQ=255) aaGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGc > 1:191125/1‑99 (MQ=255) aGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCt < 2:410135/99‑1 (MQ=255) gCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCtt < 2:953318/99‑1 (MQ=255) aTGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTg < 2:1280206/99‑1 (MQ=255) aTGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTg > 2:1685996/1‑99 (MQ=255) ggTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTc < 1:168023/99‑1 (MQ=255) ggTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTc < 1:1989461/99‑1 (MQ=255) gTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCt > 1:1359112/1‑99 (MQ=255) gAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAg < 1:1937637/99‑1 (MQ=255) aaCAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGa > 1:1236677/1‑99 (MQ=255) cAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATc < 2:1126601/99‑1 (MQ=255) cAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATc < 2:1496603/99‑1 (MQ=255) aGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATcc > 1:951169/1‑99 (MQ=255) aGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATcc > 2:622147/1‑99 (MQ=255) aGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATcc > 1:197358/1‑99 (MQ=255) aGCGATTACAACTGTTAAGTGATCCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATcc < 2:770660/99‑1 (MQ=255) gCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCt > 1:1200349/1‑99 (MQ=255) gCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCt > 1:1480685/1‑99 (MQ=255) gCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCt > 2:1918507/1‑99 (MQ=255) cGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTg < 2:321457/99‑1 (MQ=255) gATTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGc < 1:2312036/99‑1 (MQ=255) aTTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCg > 2:1175563/1‑99 (MQ=255) aTTACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCg > 1:525252/1‑99 (MQ=255) ttACAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGt < 2:1623729/99‑1 (MQ=255) cAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCa > 1:188111/1‑99 (MQ=255) cAACTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCa < 1:412417/99‑1 (MQ=255) aaCTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCAt < 1:488646/99‑1 (MQ=255) aCTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCAtt > 2:2171724/1‑99 (MQ=255) aCTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCAtt > 2:240467/1‑99 (MQ=255) cTGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCAttt < 2:1013863/99‑1 (MQ=255) tGTTAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTg < 1:605183/99‑1 (MQ=255) ttAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGaa > 2:26872/1‑99 (MQ=255) ttAAGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGaa > 2:1450629/1‑99 (MQ=255) aaGTGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAaca > 2:2089398/1‑99 (MQ=255) tGATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGa < 2:1184381/99‑1 (MQ=255) gATGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGAt > 1:1306466/1‑99 (MQ=255) aTGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATa > 1:681286/1‑99 (MQ=255) tGCGCCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATaa < 2:334424/99‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAAt < 2:1750868/99‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAAt < 2:2159315/99‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAAtt > 2:742143/1‑99 (MQ=255) | TATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATT > NC_000913/2162953‑2163143 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |