| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4542682 = | 117 (1.160) | 21 (0.230) | 20/158 | NT | 17.8% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| ? | NC_000913 | 4542996 = | 89 (0.980) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit | |||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GGGAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTA > NC_000913/4542584‑4542780 | gggAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT > 1:468177‑M1/1‑99 (MQ=255)gggAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT < 1:1862254‑M1/99‑1 (MQ=255) tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt < 2:1615472‑M1/1‑1 (MQ=255) tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt < 2:2343359‑M1/1‑1 (MQ=255) ggAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT > 2:949931‑M1/1‑99 (MQ=255) ggAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT > 2:1750472‑M1/1‑99 (MQ=255) ggAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT > 1:1518996‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaagaaaTAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTG < 2:227823‑M1/99‑1 (MQ=255) aaagaaaTAATCTCATAAACG‑AAAAATCAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGG > 1:322439‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 2:2127841‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 1:37393‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC < 2:1361503‑M1/99‑1 (MQ=255) aaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgcccacactgcacagctttcccccaaaagatgaaacatTTGGCGcc < 2:2541881‑M1/8‑1 (MQ=255) ataatCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCaa > 2:1566207/1‑99 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCa < 1:1343849‑M1/9‑1 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCa < 1:1285491‑M1/9‑1 (MQ=255) taatCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCaaa < 2:1176638/99‑1 (MQ=255) taatCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCaaa < 1:2060220/99‑1 (MQ=255) atcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCaa < 2:327074‑M1/10‑1 (MQ=255) aatCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAAc < 1:878670/99‑1 (MQ=255) atCTCATAAACGAAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAAc > 2:1247277/1‑99 (MQ=255) tctcATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttg > 1:912559‑M1/1‑94 (MQ=255) ctcATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGt > 2:916933/1‑99 (MQ=255) tcATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTc < 1:1327228/99‑1 (MQ=255) tAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactca > 2:2582593‑M1/1‑89 (MQ=255) aaCG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCatat > 2:1817361/1‑99 (MQ=255) aCG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCatatt > 2:1153010/1‑98 (MQ=255) aCG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATc > 2:2162533/1‑99 (MQ=255) aCG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATc > 1:1615472/1‑99 (MQ=255) cG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCa < 2:614152/99‑1 (MQ=255) g‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCat > 1:2306205/1‑99 (MQ=255) aaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaat > 2:617938/1‑99 (MQ=255) tacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGt < 1:1229507‑M1/32‑1 (MQ=255) aaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGt < 2:2023097/99‑1 (MQ=255) aaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGtt < 1:757780/99‑1 (MQ=255) aaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTa < 1:723855/99‑1 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gATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCaa > 2:1284866/1‑99 (MQ=255) tttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGc > 2:722160/1‑99 (MQ=255) ttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCa < 1:1664028/99‑1 (MQ=255) tATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaaa > 2:629832/1‑99 (MQ=255) aTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttg < 1:144529‑M1/99‑51 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAatat > 2:1998703/1‑99 (MQ=255) gATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATAtt > 2:472964/1‑99 (MQ=255) gATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATAtt > 2:2386611/1‑99 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(MQ=255) cAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGatat > 1:341826/1‑99 (MQ=255) ttGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtt < 2:929507‑M1/99‑91 (MQ=255) TTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTa > 2:788456‑M1/1‑99 (MQ=255) | GGGAAAGAAATAATCTCATAAACG‑AAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTA > NC_000913/4542584‑4542780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |