New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NC_000913 | = 4542690 | 47 (0.390) | 96 (0.900) | 70/158 | NT | 70.8% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
? | NC_000913 | = 4542986 | 37 (0.350) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
AATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGAT > NC_000913/4542891‑4543084 | aaTATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgg < 2:2002617‑M2/99‑4 (MQ=255) atatAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggc < 2:1818401‑M2/99‑5 (MQ=255) atatAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggc < 1:3114740‑M2/99‑5 (MQ=255) tataAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc < 2:587682‑M2/99‑6 (MQ=255) tataAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc < 1:1272668‑M2/99‑6 (MQ=255) ataAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc > 2:132809‑M2/1‑93 (MQ=255) 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taaaGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatt < 1:2726084‑M2/99‑22 (MQ=255) taaaGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatt < 2:2337173‑M2/99‑22 (MQ=255) aaGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCtttt > 2:2747488/1‑99 (MQ=255) aGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttat < 1:158291‑M2/99‑25 (MQ=255) aaCAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgt > 2:658133‑M2/1‑71 (MQ=255) aaCAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgt < 2:1831455‑M2/99‑29 (MQ=255) aCAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtt > 2:1712878‑M2/1‑70 (MQ=255) aCAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtt < 2:2771714‑M2/99‑30 (MQ=255) tAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttt < 2:801680‑M2/99‑34 (MQ=255) tAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttt < 1:2514960‑M2/99‑34 (MQ=255) tAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAAc > 2:625860/1‑99 (MQ=255) gAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttttttta < 2:1561628‑M2/99‑36 (MQ=255) gAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACtg > 2:2504707/1‑99 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaac < 2:1633957‑M2/99‑38 (MQ=255) tatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact < 1:844541‑M2/99‑39 (MQ=255) tatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 2:1102858‑M2/1‑61 (MQ=255) tatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:1248774‑M2/1‑61 (MQ=255) ttAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttt < 2:1546021‑M2/99‑41 (MQ=255) aaGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAgtg < 1:1588833/99‑1 (MQ=255) aaccaaCAAATAAGCTGACAAAGTTTTTACGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatatgtttttttaactttatt > 2:2193646‑M2/3‑56 (MQ=255) aGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttatt > 2:518412‑M2/1‑56 (MQ=255) ccAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattat < 1:1030369‑M2/99‑46 (MQ=255) caacaaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatc < 2:575653‑M2/99‑47 (MQ=255) caacaaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTgg < 2:97476/99‑1 (MQ=255) aacaaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatca < 1:789195‑M2/99‑48 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAg > 2:2687201/1‑99 (MQ=255) aaTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataa > 2:1184978‑M2/1‑48 (MQ=255) aTAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCa > 1:1991350/1‑99 (MQ=255) tAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGACGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagt < 1:2813958‑M2/99‑54 (MQ=255) aaCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtta < 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ttCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGaa > 1:3024127/1‑99 (MQ=255) ttCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGaa < 2:1661670/99‑1 (MQ=255) tCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttt > 1:992011‑M2/1‑17 (MQ=255) ctctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttc > 2:228363‑M2/1‑15 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcg < 2:2633854‑M2/99‑86 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcg > 1:2332353‑M2/1‑14 (MQ=255) tATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtt > 1:1115427‑M2/1‑12 (MQ=255) tGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgttta > 1:1463415‑M2/1‑10 (MQ=255) tGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGcc > 2:2835382/1‑99 (MQ=255) gTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtttatga > 2:347039‑M2/1‑7 (MQ=255) gTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCAt < 2:1734489/99‑1 (MQ=255) tCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtttatgag < 1:2548564‑M2/99‑94 (MQ=255) tCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATg > 1:2129946/1‑99 (MQ=255) cAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtttatgaga > 2:2406295‑M2/1‑5 (MQ=255) cAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtttatgaga < 2:2218497‑M2/99‑95 (MQ=255) cAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGt < 2:1602478/99‑1 (MQ=255) aaaaTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTc > 2:1540370/1‑99 (MQ=255) aaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtttatgagatt < 2:737671‑M2/99‑97 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctcttctctttttaatttttcgtttatgagattat > 1:2107141‑M2/1‑1 (MQ=255) aTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGAt < 2:2913615/99‑1 (MQ=255) | AATATAAACATCTATAAATAAAGATAACAATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGAT > NC_000913/4542891‑4543084 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |