Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,535,168 | C→T | 9.4% | R234H (CGC→CAC) | envZ ← | sensory histidine kinase EnvZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,535,168 | 0 | C | T | 9.4% | 238.4 / 13.7 | 85 | R234H (CGC→CAC) | envZ | sensory histidine kinase EnvZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/33); new base T (3/5); total (47/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.20e-01 |
GATAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAGCGGCGGCG > NC_000913/3535073‑3535264 | gATAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGt > 1:1035623/1‑99 (MQ=255) gATAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGt > 2:2249095/1‑99 (MQ=255) aTAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTc > 2:49896/1‑99 (MQ=255) tAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGTTCa > 2:87679/1‑99 (MQ=255) tAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCa > 2:494791/1‑99 (MQ=255) tAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCa > 2:1475540/1‑99 (MQ=255) aGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCAt < 1:213688/99‑1 (MQ=255) gCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATc > 2:710804/1‑99 (MQ=255) gCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATc < 2:846426/99‑1 (MQ=255) gCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATc < 2:435943/99‑1 (MQ=255) gCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATc < 2:32615/99‑1 (MQ=255) ccATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATcc > 2:1967486/1‑99 (MQ=255) ccATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATcc > 1:321594/1‑99 (MQ=255) cATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATCCg > 1:751076/1‑99 (MQ=255) cATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCg > 1:781872/1‑99 (MQ=255) tCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGcc > 2:2366022/1‑99 (MQ=255) tCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGcc > 1:583521/1‑99 (MQ=255) tCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGcc > 1:430983/1‑99 (MQ=255) cTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAg > 1:1602803/1‑99 (MQ=255) tGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGt < 1:694928/99‑1 (MQ=255) gctcgctcATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGtt < 2:410766/99‑1 (MQ=255) ctcgctcATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTg > 1:523401/1‑99 (MQ=255) tcgctcATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGc > 1:91655/1‑99 (MQ=255) ctcATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTa > 1:484505/1‑99 (MQ=255) tcatcaTCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTaa < 2:2017199/99‑1 (MQ=255) catcatCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCAGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAac < 2:2079541/99‑1 (MQ=255) tcatcTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAacac > 2:2023213/1‑99 (MQ=255) tcatcTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAacac > 2:548373/1‑99 (MQ=255) tcatcTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAacac < 2:978931/99‑1 (MQ=255) gTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAgccgcc > 1:100024/1‑99 (MQ=255) gTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAgccgcc > 1:723736/1‑99 (MQ=255) gCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCata < 1:154666/99‑1 (MQ=255) gCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCata < 1:1832331/99‑1 (MQ=255) ccAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCatat < 1:1139733/99‑1 (MQ=255) aGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATgg > 1:370922/1‑99 (MQ=255) aGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATgg < 1:1556759/99‑1 (MQ=255) aGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATgg < 1:1873235/99‑1 (MQ=255) aGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATgg < 1:882021/99‑1 (MQ=255) ggCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGt < 1:1595192/99‑1 (MQ=255) ggCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGt > 2:1251521/1‑99 (MQ=255) gCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGtt < 2:289147/99‑1 (MQ=255) aaTACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTaaa > 1:1718796/1‑99 (MQ=255) aaTACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTaaa > 2:1212046/1‑99 (MQ=255) tACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAgg > 1:337359/1‑99 (MQ=255) cgcgTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCa < 1:1262293/99‑1 (MQ=255) cgcgTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCa < 1:1669050/99‑1 (MQ=255) cgTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACg < 2:2442556/99‑1 (MQ=255) gTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACgg > 1:457389/1‑99 (MQ=255) gTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACgg > 2:647288/1‑99 (MQ=255) tCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACggg < 1:476028/99‑1 (MQ=255) aGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTa > 1:211602/1‑99 (MQ=255) gcggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTaa < 2:1611882/99‑1 (MQ=255) gcggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTaa > 1:1897266/1‑99 (MQ=255) gcggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTaa < 1:1192081/99‑1 (MQ=255) cggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAAc < 1:1652856/99‑1 (MQ=255) ggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACg < 2:1738185/99‑1 (MQ=255) ggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACg > 1:1374693/1‑99 (MQ=255) ggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACg > 2:1776786/1‑99 (MQ=255) ggcgTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACg > 2:199134/1‑99 (MQ=255) gTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGaa < 1:1613385/99‑1 (MQ=255) gTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGaa < 1:2046077/99‑1 (MQ=255) tGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAAc > 2:704429/1‑99 (MQ=255) aaGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGTGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCAcc < 2:1925908/99‑1 (MQ=255) tGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGaa > 1:650566/1‑99 (MQ=255) tGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGaa > 2:2468496/1‑99 (MQ=255) aCTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAgc > 2:392293/1‑99 (MQ=255) aCTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAgc < 2:167884/99‑1 (MQ=255) aCCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCa < 1:1874225/99‑1 (MQ=255) aCCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCa < 2:794726/99‑1 (MQ=255) ccccGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATa < 1:2324922/99‑1 (MQ=255) ccccGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATa > 1:1296814/1‑99 (MQ=255) cccGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATAc > 1:84182/1‑99 (MQ=255) ccATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCAc < 1:1695782/99‑1 (MQ=255) ccATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCAc < 1:811365/99‑1 (MQ=255) ccATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCAc < 1:768061/99‑1 (MQ=255) cATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACg < 1:2131139/99‑1 (MQ=255) cATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACg > 1:1378114/1‑99 (MQ=255) tCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCa > 2:1552360/1‑99 (MQ=255) tCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCa > 1:2007973/1‑99 (MQ=255) cagcagCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAg < 1:617387/99‑1 (MQ=255) cagcGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAgcgg < 1:2066038/99‑1 (MQ=255) cagcGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAgcgg > 2:1536782/1‑99 (MQ=255) gcGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAgcggcg > 1:2227992/1‑99 (MQ=255) tGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAgcggcggcg > 1:580208/1‑99 (MQ=255) tGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAgcggcggcg > 2:1528154/1‑99 (MQ=255) | GATAGCCATCCTGCTCGCTCATCATCTCAGTCGCCAGGCGAATACGCGTCAGCGGCGTGCGCAAGTCGTGACTTACCCCCGCCATCAGCAGCGTGCGGTCATCCGCCAGTTGCTTAACACCAGCCGCCATATGGTTAAAGGCACGGGTAACGGAACGCACCTCCGAAGCGCCATACTCACGCAGCGGCGGCG > NC_000913/3535073‑3535264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |