| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 70,434 | C→T | 100% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 70,434 | 0 | C | T | 99.6% | 92585.6 / 45.8 | 28124 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/65); new base T (14430/13556); total (14497/13627) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 28125 total aligned reads displayed.
ATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATTCTCAAT > NC_000913/70336‑70530 | atatGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa > 2:878014/1‑99 (MQ=255) atatGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa > 2:2504608/1‑99 (MQ=255) atatGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCa > 1:1883629/1‑99 (MQ=255) tatGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCAt < 2:936858/99‑1 (MQ=255) tatGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCAt > 2:189477/1‑99 (MQ=255) atGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATc < 2:696829/99‑1 (MQ=255) tGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt > 2:3345226/1‑99 (MQ=255) tGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt > 1:2627253/1‑99 (MQ=255) tGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt > 1:2138526/1‑99 (MQ=255) gACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg < 1:1067240/99‑1 (MQ=255) gACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg > 1:125502/1‑99 (MQ=255) gACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg < 1:1312375/99‑1 (MQ=255) aCAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt > 2:817131/1‑99 (MQ=255) aaTTGGTTTCTTCTCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtgg > 1:1622637/1‑99 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2:1357356/1‑99 (MQ=255) cttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 1:858900/99‑1 (MQ=255) cttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 2:1101562/99‑1 (MQ=255) cttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 2:1957823/1‑99 (MQ=255) cttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 2:2141922/99‑1 (MQ=255) cttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 2:3154654/99‑1 (MQ=255) cttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 1:2073932/99‑1 (MQ=255) ttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc > 2:3941/1‑99 (MQ=255) ttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc < 2:1293746/99‑1 (MQ=255) ttctCTGAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc > 1:3125299/1‑99 (MQ=255) gAATGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt > 1:1947745/1‑99 (MQ=255) aaTGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt > 1:143871/1‑99 (MQ=255) aTGGCGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg > 1:1196002/1‑99 (MQ=255) tggcggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 2:2622708/1‑99 (MQ=255) tggcggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:168646/1‑99 (MQ=255) cgggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGc < 2:2328232/98‑1 (MQ=255) cgggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGc < 1:220108/98‑1 (MQ=255) gAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa < 1:2751102/99‑1 (MQ=255) gAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa < 1:2932376/99‑1 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAAc > 1:3308786/1‑99 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg > 1:2874402/1‑99 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg > 2:2023967/1‑99 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg > 2:3030205/1‑99 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg > 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gAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa < 1:1752975/99‑1 (MQ=255) gAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa < 1:2266269/99‑1 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:2395909/99‑1 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc > 2:1661465/1‑99 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc > 2:2913675/1‑99 (MQ=255) gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCg > 2:636581/1‑99 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 2:2858134/1‑99 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 2:2561944/1‑99 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2:1777402/1‑99 (MQ=255) gcgcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 2:2266440/99‑1 (MQ=255) cgcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcg > 2:455823/1‑99 (MQ=255) cAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgac < 1:42356/99‑1 (MQ=255) aaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga > 2:2739277/1‑99 (MQ=255) tGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCgaccgacc > 2:2975435/1‑99 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGc > 1:1000226/1‑99 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTg < 1:3056923/99‑1 (MQ=255) 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1:546936/99‑1 (MQ=255) aCTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTtata < 2:280156/99‑1 (MQ=255) tCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATAtt > 1:3186564/1‑99 (MQ=255) cGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATtc < 2:1602148/99‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATtct < 1:3247183/99‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATtct < 1:2003937/99‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATtctc > 1:483998/1‑99 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATtctc > 1:1376198/1‑99 (MQ=255) ttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATTCTCa < 2:148488/99‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATTCTCaa < 2:3282711/99‑1 (MQ=255) | ATGCAATATGGACAATTGGTTTCTTCTCTGAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGCTGGGAATGAAAGGTTATATTCTCAAT > NC_000913/70336‑70530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |