| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 17,101 | Δ2,695 bp | 100% | IS1‑mediated | nhaA–nhaR | nhaA, nhaR |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 17101 | 20513–19796 | 2696–3413 | 82 [1] | [34] 36 | nhaA–insA‑1 | nhaA,nhaR,insB‑1,insA‑1 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 17100 | 1 (0.020) | 69 (1.050) | 55/176 | NT | 98.6% | intergenic (+94/‑389) | sokC/nhaA | antisense RNA blocking mokC and hokC translation/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/17003‑17100‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCC > NC_000913/257908‑258005 TTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTG < 1:1189593/99‑1 TCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTA > 1:743552/1‑99 CTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAA > 1:6644/1‑99 CTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAA < 2:693002/99‑1 CTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAA < 2:194355/99‑1 TATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAAT > 2:42249/1‑99 TATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAAT > 2:1447255/1‑99 TCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGA > 2:84259/1‑99 TCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGA < 1:1318407/99‑1 TGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACT < 2:1133636/99‑1 CCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCC < 2:1213072/99‑1 GTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAA < 1:893296/99‑1 TCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACT < 2:254295/99‑1 CAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTT > 2:1411622/1‑99 AGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTA < 2:21511/99‑1 CTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:27243/99‑1 CTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:1266928/1‑99 CTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:1594371/99‑1 ATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 2:995898/1‑99 ATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 1:642792/1‑99 CTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG < 1:207379/99‑1 CTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 2:295744/1‑99 TGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT < 1:664470/99‑1 AGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1710318/99‑1 GACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTT > 1:1487422/1‑99 GACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTT < 1:1740685/99‑1 ACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 2:884885/99‑1 CAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAT < 2:1144882/99‑1 CAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAT < 1:932427/99‑1 AGACGGCCTCAATCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 2:388629/99‑1 AGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 2:1610117/99‑1 GACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGT < 1:1459268/99‑1 ACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 2:17649/99‑1 ACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:1289948/99‑1 CAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTC < 1:968848/99‑1 AGCCTCTAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:1005040/99‑1 GCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG > 1:955420/1‑99 GCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAG > 1:1015205/1‑99 CCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA < 1:494875/99‑1 AGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG > 1:859392/1‑99 GCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC < 2:78672/99‑1 GCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC < 2:747225/99‑1 CACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCC < 1:1246876/99‑1 ACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC > 2:1357429/1‑99 CCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGA > 1:1723296/1‑99 CGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 2:246934/99‑1 CTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT < 1:516805/99‑1 CTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT < 1:587425/99‑1 CTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTT > 2:1117633/1‑99 TATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTT < 2:1179531/99‑1 TATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTT > 2:1782083/1‑99 TTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:354894/99‑1 TATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTC > 2:709572/1‑99 TATATCGCGCGCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCGAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATCACTGTGTC < 2:651293/99‑1 ATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCA < 1:916949/99‑1 TATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT < 1:517438/99‑1 TATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 2:283375/1‑99 TATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 2:1243527/1‑99 TCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC > 1:816405/1‑99 TCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC < 2:1355864/99‑1 CTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC < 1:645756/99‑1 CTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCA > 2:501917/1‑99 CTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCA > 1:1440814/1‑99 ACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGAT > 2:65701/1‑99 ACCCATTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGAT > 1:1704506/1‑99 TTTTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGA < 2:645875/99‑1 TTGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGA > 2:302235/1‑99 TGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAA < 1:54467/99‑1 TGTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAA < 1:778763/99‑1 GTTTTATCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAAC < 2:157836/99‑1 TCGATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGC < 2:843615/99‑1 GATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGA > 1:13815/1‑99 GATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGA < 2:1118756/99‑1 GATTCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGA < 2:802952/99‑1 CTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTC < 1:805463/99‑1 CTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTC < 1:426485/99‑1 CTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTC < 2:946221/99‑1 TGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCC < 1:384501/99‑1 TGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCC > 1:1279418/1‑99 TGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCC < 1:847873/99‑1 TTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/17003‑17100‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCC > NC_000913/257908‑258005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |