| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 71 (1.070) | 54/168 | NT | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
AGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAG > NC_000913/1300602‑1300796 | tcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata < 1:2013299‑M2/3‑1 (MQ=255)tcatgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaata > 1:1596300‑M2/97‑99 (MQ=255) catgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa < 1:988030‑M2/4‑1 (MQ=255) catgttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataa < 1:157372‑M2/4‑1 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 2:335679‑M2/7‑1 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa < 1:684152‑M2/7‑1 (MQ=255) gttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataa > 1:1570318‑M2/93‑99 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat > 1:465453‑M2/92‑99 (MQ=255) ttattttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaataataat < 2:466955‑M2/8‑1 (MQ=255) attttcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaATAATAATCaa < 2:594968‑M2/11‑1 (MQ=255) tcgccacatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTg < 2:1849725‑M2/14‑1 (MQ=255) acatcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTaaa < 1:364889‑M2/19‑1 (MQ=255) tcataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAatta < 1:926930‑M2/22‑1 (MQ=255) cataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattat < 2:1605088‑M2/23‑1 (MQ=255) ataatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAattatt < 2:1373804‑M2/24‑1 (MQ=255) taatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg > 1:1760432‑M2/75‑99 (MQ=255) taatcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATtg > 1:997889‑M2/75‑99 (MQ=255) tcctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGc > 1:1176458‑M2/72‑99 (MQ=255) cctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 2:624530‑M2/29‑1 (MQ=255) cctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCa < 2:1541782‑M2/29‑1 (MQ=255) ctgggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAt < 2:1121497‑M2/30‑1 (MQ=255) gggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAttt < 2:2056‑M2/32‑1 (MQ=255) ggcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTc < 2:1258228‑M2/33‑1 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 2:1370395‑M2/66‑99 (MQ=255) gcttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCa > 1:713896‑M2/66‑99 (MQ=255) cttgctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCac < 2:347260‑M2/35‑1 (MQ=255) ctgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCactact > 2:1410709‑M2/61‑99 (MQ=255) tgaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTg < 1:114575‑M2/40‑1 (MQ=255) gaagaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTgg < 1:713303‑M2/41‑1 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 2:875091‑M2/57‑99 (MQ=255) agaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGaa > 1:1472178‑M2/57‑99 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc > 1:663002‑M2/56‑99 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 1:1191519‑M2/44‑1 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc < 2:1131108‑M2/44‑1 (MQ=255) gaataattgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAc > 2:816691‑M2/56‑99 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa > 1:589365‑M2/51‑99 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 2:440084‑M2/49‑1 (MQ=255) attgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTaa < 2:1532476‑M2/49‑1 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 1:1285063‑M2/50‑99 (MQ=255) ttgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAt > 1:2004341‑M2/50‑99 (MQ=255) tgaaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATc > 2:1531890‑M2/49‑99 (MQ=255) aaatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAg > 2:616298‑M2/47‑99 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 2:1713308‑M2/46‑99 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 1:1342519‑M2/46‑99 (MQ=255) aatgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgcaaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGa > 2:1634471‑M2/46‑99 (MQ=255) tgatattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGaaa > 2:37352‑M2/44‑99 (MQ=255) tattattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGa > 2:241111‑M2/41‑99 (MQ=255) ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa < 1:963586‑M2/61‑1 (MQ=255) ttattaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATa < 2:525562‑M2/61‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 2:863995‑M2/63‑1 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa > 2:965816‑M2/37‑99 (MQ=255) attaattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGa < 2:1749804‑M2/63‑1 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACAt > 2:335083‑M2/34‑99 (MQ=255) aattccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACAt < 1:951361‑M2/66‑1 (MQ=255) attccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATg > 1:1131959‑M2/33‑99 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCt < 2:1413344‑M2/69‑1 (MQ=255) tccactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACCGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCt < 1:1385036‑M2/69‑1 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa > 2:477668‑M2/29‑99 (MQ=255) cactgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTCTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTa > 1:1833809‑M2/29‑99 (MQ=255) actgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAg < 1:1212344‑M2/72‑1 (MQ=255) tgcctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGcc > 2:300751‑M2/26‑99 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCaa > 2:2024301‑M2/24‑99 (MQ=255) cctttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCaa < 2:991711‑M2/76‑1 (MQ=255) tttggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtc < 2:858588‑M2/78‑1 (MQ=255) tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtctc < 2:281442‑M2/80‑1 (MQ=255) tggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAAtctc < 1:1442037‑M2/80‑1 (MQ=255) ggtagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATctct > 2:639361‑M2/19‑99 (MQ=255) tagaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAt < 1:1412515‑M2/83‑1 (MQ=255) gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt > 2:1462268‑M2/15‑99 (MQ=255) gaggaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAttt < 1:1186407‑M2/85‑1 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgat < 1:52625‑M2/88‑1 (MQ=255) gaaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgat > 1:113172‑M2/12‑99 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgatt > 1:519126‑M2/11‑99 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgatt < 2:1690737‑M2/89‑1 (MQ=255) aaagtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATttgatt < 2:1549486‑M2/89‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa > 2:351379‑M2/8‑99 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa > 2:1240843‑M2/8‑99 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 2:1296345‑M2/92‑1 (MQ=255) gtgctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaa < 2:146976‑M2/92‑1 (MQ=255) ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaattg > 1:234792‑M2/5‑99 (MQ=255) taaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGattgaattga > 2:366014‑M2/4‑99 (MQ=255) aATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGaaa > 2:1811735‑M2/2‑99 (MQ=255) ataataatCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAg < 1:404008/99‑1 (MQ=255) | AGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAG > NC_000913/1300602‑1300796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |