| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4542682 = | 173 (1.450) | 8 (0.070) | 8/158 | NT | 5.6% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| ? | NC_000913 | 4542996 = | 117 (1.090) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit | |||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTA > NC_000913/4542584‑4542780 | tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatt < 1:3095193‑M1/1‑1 (MQ=255)gggAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAT < 2:1867930‑M1/99‑1 (MQ=255) ggAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT < 2:1123706‑M1/99‑1 (MQ=255) ggAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT > 2:221684‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATag > 2:2383214‑M1/1‑97 (MQ=255) gaaagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTG < 2:2641571‑M1/99‑1 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTgg > 1:2769519‑M1/96‑99 (MQ=255) tctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTggg < 1:1492519‑M1/5‑1 (MQ=255) aagaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGG > 1:1163624‑M1/1‑99 (MQ=255) agaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGG > 2:2321220‑M1/1‑99 (MQ=255) agaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGG > 2:1298895‑M1/1‑99 (MQ=255) agaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGG < 2:2980332‑M1/99‑1 (MQ=255) taaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGc < 2:1761906‑M1/7‑1 (MQ=255) taaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGc < 2:1447757‑M1/7‑1 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 2:1255877‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 2:95890‑M1/1‑99 (MQ=255) gaaaTAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 1:1041974‑M1/1‑99 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCC‑a < 1:2913193‑M1/9‑1 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCC‑a > 1:1577319‑M1/91‑99 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCC‑a < 1:1971852‑M1/9‑1 (MQ=255) aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCC‑a < 1:1298895‑M1/9‑1 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑aa > 2:1589543/1‑99 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑aa > 1:1202953/1‑99 (MQ=255) taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑aaa > 1:1065296/1‑99 (MQ=255) taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑aaa > 1:2984845/1‑99 (MQ=255) atCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACt > 2:2662692/1‑99 (MQ=255) tAAACGAAAAATTAAAAGGAAAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAGAAACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCat > 2:3162308/1‑99 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCata < 2:1331206/99‑1 (MQ=255) aaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCatat > 2:937025/1‑99 (MQ=255) aCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATc > 1:3060989/1‑99 (MQ=255) aaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCataa > 2:2451153/1‑99 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATCTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCataaa < 2:2953910/99‑1 (MQ=255) aaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCataaat < 2:3002239/99‑1 (MQ=255) aTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCataaata < 2:1633360/99‑1 (MQ=255) ttAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCataaataa > 2:108461/1‑99 (MQ=255) tAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAg < 2:2861837/99‑1 (MQ=255) aaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑Attttgactcatagaggaaagcat < 2:779213‑M1/99‑24 (MQ=255) aaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGtt < 1:1661112/99‑1 (MQ=255) aaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGtt < 1:350583/99‑1 (MQ=255) aaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTa < 1:2228965/99‑1 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTAc > 2:1350596/1‑99 (MQ=255) agagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACg < 1:2301698/99‑1 (MQ=255) gagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGt > 1:1782849/1‑99 (MQ=255) agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTa < 1:2457099/99‑1 (MQ=255) agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTa < 2:1225406/99‑1 (MQ=255) gaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAt < 1:777423/99‑1 (MQ=255) gaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAt > 1:684090/1‑99 (MQ=255) aagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑Attttgactcatagaggaaagcatcgcggaca > 2:1265826‑M1/1‑68 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt < 1:1930861/99‑1 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt > 2:1786569/1‑99 (MQ=255) gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt < 2:1404638/99‑1 (MQ=255) gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttt > 1:480056/1‑99 (MQ=255) gagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAtttt > 1:421205/1‑99 (MQ=255) agGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttttt < 1:1704197/99‑1 (MQ=255) ttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtctc > 1:2664831/1‑99 (MQ=255) gATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCaa < 1:3010908/99‑1 (MQ=255) tttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGc > 2:691814/1‑99 (MQ=255) ttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCa > 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aaaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaaaa > 1:2355927/1‑99 (MQ=255) aaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAg < 1:1189718/99‑1 (MQ=255) aaaCAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAg > 2:3082180/1‑99 (MQ=255) cAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCAt > 2:895267/1‑99 (MQ=255) cccaaaagatgaaacatTTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATc > 2:1574522‑M1/18‑99 (MQ=255) aaataaatACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATc < 1:2598798/99‑1 (MQ=255) ataaataCAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTa > 2:1541903/1‑99 (MQ=255) taaataCAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTaa > 2:2479119/1‑99 (MQ=255) taaataCAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTaa > 1:1260412/1‑99 (MQ=255) aaataCAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAAc < 1:1380772/99‑1 (MQ=255) aataCAAGACAATTGGGGCC‑Attttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatcttta > 2:1837298‑M1/1‑21 (MQ=255) taCAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGt > 2:2045105/1‑99 (MQ=255) cAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATACGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGttt > 2:1375598/1‑99 (MQ=255) aaGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTg < 2:1289276/99‑1 (MQ=255) aGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGa > 1:2703231/1‑99 (MQ=255) aCAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGata > 1:2315665/1‑99 (MQ=255) aCAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGata < 1:143091/99‑1 (MQ=255) aaTTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATg > 1:542704/1‑99 (MQ=255) aTTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGt > 2:661298/1‑99 (MQ=255) ttGGGGCC‑Attttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtt < 1:582117‑M1/99‑91 (MQ=255) | GGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCC‑AAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTA > NC_000913/4542584‑4542780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |