New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 4 (0.030) | 4/174 | NT | 3.2% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | = 4542023 | 120 (0.930) | intergenic (+464/‑14) | fimB/fimE | regulator for fimA/regulator for fimA | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
GCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGAGGTTTCCTATAGGTATTCATTCAAATATATCTCAGTTAGGAGTACTACTATTGTGAGTAAACGTCGTTATCTTACCGGTAAAGAAGTTCAGGCCATGATGCAGGCGGTTTGTTACGGGGCAACGGGAGCCAGAGATT > NC_000913/4541926‑4542121 | tcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgg < 1:3464715‑M2/5‑1 (MQ=255) tcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgg < 1:2749137‑M2/5‑1 (MQ=255) tcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgg < 2:2105737‑M2/5‑1 (MQ=255) tcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAgg > 1:1767491‑M2/95‑99 (MQ=255) gCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGAGGTTTCCTATAGGTATTCATTCAAATATATCTCAGTTAGg < 2:1582901‑M2/99‑2 (MQ=255) gCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGAGGTTTCCTATAGGTATTCATTCAAATATATCTCAGTTAGg < 2:2129733‑M2/99‑2 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGAGTACTACTATTGTGAGTAAACGTCGTTATCTTACCGGTAAAGAAGTTCAGGCCATGATGCAGGCGGTTTGTTACGGGGCAACGGGAGCCAGAGat > 2:1099802/1‑99 (MQ=255) ggAGTACTACTATTGTGAGTAAACGTCGTTATCTTACCGGTAAAGAAGTTCAGGCCATGATGCCGGCGGTTTGTTACGGGGCAACGGGAGCCAGAGatt > 2:667265/1‑99 (MQ=255) | GCCACATCACTCCGTGTGTGGTTATCTTTTTATCTATTGGGCTAATTTTGACCGATTGAGGTTTCCTATAGGTATTCATTCAAATATATCTCAGTTAGGAGTACTACTATTGTGAGTAAACGTCGTTATCTTACCGGTAAAGAAGTTCAGGCCATGATGCAGGCGGTTTGTTACGGGGCAACGGGAGCCAGAGATT > NC_000913/4541926‑4542121 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |