| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4542690 | 154 (1.260) | 21 (0.190) | 18/158 | NT | 14.1% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit |
| ? | NC_000913 | = 4542986 | 118 (1.080) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | regulator for fimA/type 1 fimbriae major subunit | |||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAT > NC_000913/4542592‑4542786 | aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCa < 1:1342627‑M1/9‑1 (MQ=255)aatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCa < 1:189329‑M1/9‑1 (MQ=255) cgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCAAAc > 2:2855920‑M1/88‑99 (MQ=255) aatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAAc > 1:759167/1‑99 (MQ=255) atCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACt < 1:3047270/99‑1 (MQ=255) ctcATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGt > 2:127316/1‑99 (MQ=255) gggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCAAACTGTCCa > 1:236389‑M1/82‑99 (MQ=255) aTAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCa < 1:1339713/99‑1 (MQ=255) gcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCAAACTGTCCata < 1:1236017‑M1/20‑1 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCGAACTGTCCata < 2:490510/99‑1 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCata < 1:1069512/99‑1 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCata < 2:1855971/99‑1 (MQ=255) aaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCatat < 2:3203961/99‑1 (MQ=255) aaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCatat < 1:2807036/99‑1 (MQ=255) cGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAGT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCa < 1:886466/99‑1 (MQ=255) aagaaaTAAAAAAGAAAAGAGGTTTGAATTAACTGATTGATAATAAAGATAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCGAAAATGTCTATATAat > 2:717225/4‑99 (MQ=255) aaaaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCata < 2:1997730/99‑1 (MQ=255) aaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCataaat > 2:2686584/1‑99 (MQ=255) aaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCataaat > 1:1823089/1‑99 (MQ=255) aTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaag > 2:85215‑M1/1‑79 (MQ=255) aTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCataaata > 1:1738199/1‑99 (MQ=255) tAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAg > 1:1507375/1‑99 (MQ=255) aaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGt < 2:2290861/99‑1 (MQ=255) aaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGtt > 2:1616354/1‑99 (MQ=255) actttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTa > 2:34275‑M1/65‑99 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTAc < 1:339626/99‑1 (MQ=255) agagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACg > 2:2962262/1‑99 (MQ=255) gagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGt < 1:923920/99‑1 (MQ=255) ttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTa > 2:2413696‑M1/62‑99 (MQ=255) agaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTa < 2:2724833/99‑1 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATGATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaa > 2:3147891‑M1/1‑67 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt < 2:2131872/99‑1 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt < 2:87061/99‑1 (MQ=255) agagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttt > 1:2978060/1‑99 (MQ=255) agGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTAttttt < 2:1561206/99‑1 (MQ=255) gTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtc < 2:2010459/99‑1 (MQ=255) gTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtc > 1:1521268/1‑99 (MQ=255) tttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCTAAACTGTCCATATCAGAAATAAGTTACGTATTTTTtct > 2:1382920/1‑99 (MQ=255) tttGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTtct > 1:2217157/1‑99 (MQ=255) aTTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAg < 2:2813863/99‑1 (MQ=255) tttAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttatgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcag > 2:2927478‑M1/1‑57 (MQ=255) aaCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATa > 2:1016287/1‑99 (MQ=255) aCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaa > 2:1926384/1‑99 (MQ=255) aCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaa > 2:1958632/1‑99 (MQ=255) cTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaa < 1:366062/99‑1 (MQ=255) ttATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaa > 1:3211396/1‑99 (MQ=255) tATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaaa < 1:423101/99‑1 (MQ=255) tATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaaa < 2:116123/99‑1 (MQ=255) tATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaaa < 2:1080715/99‑1 (MQ=255) tATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaaa < 1:432204/99‑1 (MQ=255) aTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAat < 2:2872576/99‑1 (MQ=255) aTTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAat < 2:423715/99‑1 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAatat < 2:662615/99‑1 (MQ=255) tGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAatat > 2:79505/1‑99 (MQ=255) taataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaa > 1:2693504/1‑99 (MQ=255) aacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaa > 2:3134058‑M1/36‑99 (MQ=255) aaaGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaa < 2:784364‑M1/99‑60 (MQ=255) aGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaata < 2:1399775‑M1/99‑62 (MQ=255) gTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatat < 2:2617037‑M1/99‑63 (MQ=255) gTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGa > 1:1639750/1‑99 (MQ=255) gTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGa > 1:93009/1‑99 (MQ=255) aaaaaaaCAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaa < 1:2966753/99‑1 (MQ=255) aaaaaCAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctat < 2:1794732‑M1/99‑68 (MQ=255) aaaCAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattg > 1:2565172‑M1/1‑30 (MQ=255) aaaCAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAg < 1:2188011/99‑1 (MQ=255) aaCAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGc < 1:1704088/99‑1 (MQ=255) 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2:3227763‑M1/1‑7 (MQ=255) GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTaaa > 2:2522729‑M1/1‑99 (MQ=255) gggCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttat > 1:3141991‑M1/1‑6 (MQ=255) gggCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttat < 2:2986072‑M1/99‑94 (MQ=255) GGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAat > 1:678736‑M1/1‑99 (MQ=255) GGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAat < 2:2770836‑M1/99‑1 (MQ=255) ggCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttata > 1:1447144‑M1/1‑5 (MQ=255) ggCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttata > 1:1958632‑M1/1‑5 (MQ=255) GCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatta > 1:50241‑M1/1‑99 (MQ=255) GCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAatta > 1:1377757‑M1/1‑99 (MQ=255) ccAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttatatt > 1:775874‑M1/1‑3 (MQ=255) ccAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttatatt < 2:2554256‑M1/99‑97 (MQ=255) | AATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT‑GGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTAT > NC_000913/4542592‑4542786 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |