| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,352,926 | C→T | 8.1% | G235S (GGT→AGT) | sapD ← | putrescine ABC exporter ATP binding protein SapD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,352,926 | 0 | C | T | 8.1% | 384.8 / 21.3 | 111 | G235S (GGT→AGT) | sapD | putrescine ABC exporter ATP binding protein SapD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/57); new base T (5/4); total (50/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGC > NC_000913/1352830‑1353023 | tGCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGc > 2:580435/1‑99 (MQ=255) gCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCa < 2:672941/99‑1 (MQ=255) gCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCa < 2:1248316/99‑1 (MQ=255) gCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCa < 1:564518/99‑1 (MQ=255) ccGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAg < 2:1738663/99‑1 (MQ=255) gAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTa < 1:2105087/99‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTaa > 1:1472172/1‑99 (MQ=255) tCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTaa > 1:1595017/1‑99 (MQ=255) cgcgcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAAt < 1:1219110/99‑1 (MQ=255) gcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAAtttt < 2:2683992/99‑1 (MQ=255) gcgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAAtttt > 2:482193/1‑99 (MQ=255) cgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACTGCAGTAAAGCACGTTAATTTTa < 1:1995234/99‑1 (MQ=255) cgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTa > 1:2562539/1‑99 (MQ=255) cgGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTa > 1:1394067/1‑99 (MQ=255) ggATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTAt > 2:1557068/1‑99 (MQ=255) ggATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTAt < 2:108037/99‑1 (MQ=255) gATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATc < 2:2754908/99‑1 (MQ=255) gATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATc > 2:285992/1‑99 (MQ=255) gATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATc < 1:400316/99‑1 (MQ=255) aTCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACTGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATcc > 1:2272444/1‑99 (MQ=255) tCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCg < 2:2082924/99‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCg < 2:2773931/99‑1 (MQ=255) aGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGcc > 2:1465136/1‑99 (MQ=255) cgcCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCa < 1:1508773/99‑1 (MQ=255) gcCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCAt < 1:1100309/99‑1 (MQ=255) ccTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCAtt > 1:255822/1‑99 (MQ=255) ccTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCAtt > 2:1618935/1‑99 (MQ=255) tGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTgg > 1:1665705/1‑99 (MQ=255) tGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTgg < 2:1093388/99‑1 (MQ=255) tGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTgg > 2:621209/1‑99 (MQ=255) gggTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGc < 1:511235/99‑1 (MQ=255) ggTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCt > 1:826166/1‑99 (MQ=255) tataAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTaa < 2:614215/99‑1 (MQ=255) ataAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAg > 1:2481340/1‑99 (MQ=255) ataAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAg > 1:525507/1‑99 (MQ=255) taAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGc > 1:2380739/1‑99 (MQ=255) aaGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCa < 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2:1755226/1‑99 (MQ=255) ggCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTa < 2:1902137/99‑1 (MQ=255) gcgcGGTTTCCACTGTTTGACTGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTAt < 2:1175806/99‑1 (MQ=255) gcgcGGTTTCCACTGTTTGACTGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTAt > 1:2657375/1‑99 (MQ=255) gcgcGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTAt < 2:806483/99‑1 (MQ=255) gcgcGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTAt < 1:2551730/99‑1 (MQ=255) gcgGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTg < 1:2415558/99‑1 (MQ=255) gcgGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTg > 2:1799611/1‑99 (MQ=255) 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1:78825/1‑99 (MQ=255) gTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTg > 2:2134184/1‑99 (MQ=255) ttGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgag < 1:454917/99‑1 (MQ=255) tGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgaga < 2:1918771/99‑1 (MQ=255) tGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgaga < 2:2141970/99‑1 (MQ=255) tGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgaga < 1:2361589/99‑1 (MQ=255) tGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTgaga < 1:1651227/99‑1 (MQ=255) gACTGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGAc > 1:768556/1‑99 (MQ=255) gACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGAc < 2:336958/99‑1 (MQ=255) ccGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGAcgc > 1:704564/1‑99 (MQ=255) | TGCCGAAGTCTGGTATCGCGCGGATCAGCGCCTGGGTATAAGGATGATGTGGCATCGTCACCAACTCCTTACTCGGCGCGGTTTCCACTGTTTGACCGCAGTAAAGCACGTTAATTTTATCCGCCCATTGGCTAAGCATTTGTAAGTCATGGCTGATAAGCAAAATAGTGGTATTGCTGTTTTGGTTGAGACGC > NC_000913/1352830‑1353023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |