Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 401,284 | G→T | 35.4% | intergenic (‑361/‑102) | ddlA ← / → iraP | D‑alanine‑‑D‑alanine ligase A/anti‑adaptor protein for sigma(S) stabilization |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 401,284 | 0 | G | T | 35.4% | 316.7 / 230.8 | 175 | intergenic (‑361/‑102) | ddlA/iraP | D‑alanine‑‑D‑alanine ligase A/anti‑adaptor protein for sigma(S) stabilization |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/53); new base T (26/36); total (86/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TTTATAATAAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTGCGCAAAGTATTTCCTTTGTCATAAAAATAATACTTCCAGACACTATGAAGTTGTGAAACATAATGTTAACTTCTCCATACTTTGGATAAGGAAATACA > NC_000913/401188‑401382 | tttatAATAAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTgcg > 2:2394049/1‑99 (MQ=255) tttatAATAAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTgcg > 1:938476/1‑99 (MQ=255) tttatAATAAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTgcg < 1:2603101/99‑1 (MQ=255) ttatAATAAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTgcgc < 2:3525062/99‑1 (MQ=255) tataATAAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTTCGCa > 2:2736356/1‑99 (MQ=255) ataataAAGGTTGATAATTAAAAGCCTATATTTTGTGTGGGTAATTATTTAAATAAGAGAAACGTTTCGCTGGTAATCAAACAAAAAATA‑TTTTCGCaa > 1:2534700/1‑99 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |