| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,017,429 | (C)6→7 | coding (876/1374 nt) | fliI → | flagellum‑specific ATP synthase FliI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,017,423 | 1 | . | C | 96.1% | 177.6 / ‑0.0 | 51 | coding (870/1374 nt) | fliI | flagellum‑specific ATP synthase FliI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (27/22); total (28/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
AATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGAT > NC_000913/2017291‑2017552 | aaTGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑ccccccc < 1:154467/140‑2 (MQ=255) aTGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑cccccccg < 2:622960/140‑3 (MQ=255) gggTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGccacc < 2:441361/140‑1 (MQ=255) gggTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGccacc < 1:46341/140‑1 (MQ=255) gggTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGccacc < 2:977132/140‑1 (MQ=255) ccTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTa > 1:187515/1‑140 (MQ=255) aTGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATcc < 2:668378/140‑1 (MQ=255) aTGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATcc > 1:668378/1‑140 (MQ=255) gCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCAc > 2:1025267/1‑140 (MQ=255) gCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCAc > 2:374852/1‑140 (MQ=255) gcgcATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCg > 1:300606/1‑140 (MQ=255) cgcATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAgg > 2:722965/1‑126 (MQ=255) cgcATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAgg < 1:722965/126‑1 (MQ=255) tGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGttt > 1:39281/1‑140 (MQ=255) ttCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTAcc < 2:899825/140‑1 (MQ=255) tCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGTGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGtt < 2:212371/127‑1 (MQ=255) tCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGTGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGtt > 1:212371/1‑127 (MQ=255) tCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCg > 1:771256/1‑140 (MQ=255) cgcgATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCgg < 2:771256/140‑1 (MQ=255) cgATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCa < 1:374852/140‑1 (MQ=255) gTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGa < 2:34172/140‑1 (MQ=255) ttGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGaa > 1:215622/1‑140 (MQ=255) aCTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTACCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAgcgg > 1:566724/1‑140 (MQ=255) cGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGa < 2:215622/140‑1 (MQ=255) tACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAgcggcg < 1:986340/128‑1 (MQ=255) tACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAgcggcg > 2:986340/1‑128 (MQ=255) tACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTa > 2:567616/1‑140 (MQ=255) tACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTa > 1:894260/1‑140 (MQ=255) aCGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAc > 1:314036/1‑140 (MQ=255) cgcgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 2:314036/140‑1 (MQ=255) cgcgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 1:866603/140‑1 (MQ=255) cgcgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc < 1:428072/140‑1 (MQ=255) cgcgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTAcc > 1:733822/1‑140 (MQ=255) cgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACcg < 1:743852/139‑1 (MQ=255) cgATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACcg > 2:743852/1‑139 (MQ=255) gCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGtttt > 1:330957/1‑140 (MQ=255) cccAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTta > 2:704417/1‑140 (MQ=255) cAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTtata < 2:894260/140‑1 (MQ=255) cAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTtata > 1:490124/1‑140 (MQ=255) aGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATAc < 1:607625/140‑1 (MQ=255) aGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATAc < 1:579296/139‑1 (MQ=255) aGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATAc > 2:579296/1‑139 (MQ=255) cGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCg > 2:989046/1‑140 (MQ=255) cGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCg > 2:336418/1‑140 (MQ=255) tGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTg < 2:39281/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGa > 1:817286/1‑140 (MQ=255) cgcTGGCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGa > 2:149872/1‑140 (MQ=255) gCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCg > 1:703844/1‑140 (MQ=255) gCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCg > 1:717668/1‑140 (MQ=255) gCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCg > 1:436755/1‑140 (MQ=255) gCGATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCg < 1:989046/140‑1 (MQ=255) gATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGAt < 1:630482/140‑1 (MQ=255) gATTGGCGAACCCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGAt < 1:567616/140‑1 (MQ=255) | AATGCAGGGTGCCGCCTATGCCACGCGCATTGCCGAAGATTTTCGCGATCGTGGTCAGCATGTGTTGCTGATTATGGACTCCCTCACCCGCTACGCGATGGCCCAGCGTGAAATTGCGCTGGCGATTGGCGAA‑CCCCCCGCCACCAAAGGTTATCCACCGTCGGTGTTTGCCAAATTACCGGCACTGGTCGAGCGTGCCGGAAATGGCATTAGCGGCGGCGGCTCGATTACCGCGTTTTATACCGTGCTCACTGAAGGCGAT > NC_000913/2017291‑2017552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |