| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,099,811 | (A)8→9 | intergenic (‑198/+51) | ugd ← / ← gnd | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,099,803 | 1 | . | A | 98.2% | 197.9 / ‑3.5 | 57 | intergenic (‑190/+59) | ugd/gnd | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (21/35); total (21/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
GATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACGC > NC_000913/2099666‑2099937 | gATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aa > 1:999587/1‑140 (MQ=255) agCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaa > 1:249803/1‑140 (MQ=255) agCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaa > 2:483112/1‑140 (MQ=255) gCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaa > 2:972375/1‑139 (MQ=255) cTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaag > 2:928141/1‑138 (MQ=255) cTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaag > 1:867699/1‑138 (MQ=255) cTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaag > 1:452346/1‑138 (MQ=255) cTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaag > 2:731884/1‑138 (MQ=255) cTAAAAGCTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaag > 2:498051/1‑138 (MQ=255) aaaaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaagcc < 2:185632/140‑5 (MQ=255) aaaaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaagcc < 1:928141/140‑5 (MQ=255) aaaaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaagcc > 2:960684/1‑136 (MQ=255) aaaaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaagcc < 1:731884/140‑5 (MQ=255) aaaaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaagcc < 2:529403/140‑5 (MQ=255) aaaaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑aaaaaaaaagcc < 2:552980/140‑5 (MQ=255) aaGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCg < 2:999587/140‑1 (MQ=255) aaGCTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCg < 1:498051/140‑1 (MQ=255) gTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGt < 1:67455/140‑1 (MQ=255) ttttAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTg < 2:867699/140‑1 (MQ=255) ttttAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTg < 2:374764/140‑1 (MQ=255) tttAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGc > 2:234770/1‑140 (MQ=255) tAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGt < 1:966051/136‑1 (MQ=255) tAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGt > 2:966051/1‑136 (MQ=255) aaCGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAata < 2:731952/140‑1 (MQ=255) tCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCt < 1:317989/140‑1 (MQ=255) tGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAAt > 2:429612/1‑140 (MQ=255) tGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAAt > 1:729052/1‑140 (MQ=255) tCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAAtttt > 2:266042/1‑140 (MQ=255) cgcaacgAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCTGGCCTCAATTTTAttg > 1:1041270/1‑140 (MQ=255) cgcaacgAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTAttg < 1:309748/140‑1 (MQ=255) cgcaacgAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTAttg < 2:896069/140‑1 (MQ=255) cgcaacgAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTAttg < 2:249803/140‑1 (MQ=255) cgAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGt > 2:274087/1‑140 (MQ=255) cgAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGt 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1:741322/140‑1 (MQ=255) attaAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACcttct > 2:687933/1‑140 (MQ=255) taAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCttt < 1:172237/140‑1 (MQ=255) tAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCaa > 1:205493/1‑140 (MQ=255) aaTATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAAt < 2:738121/140‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAAt < 1:343504/140‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAAt < 1:290562/140‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAAt < 1:687933/140‑1 (MQ=255) aaTATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAAt < 1:483112/140‑1 (MQ=255) tatTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATAc < 2:763837/140‑1 (MQ=255) aGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGc < 1:884884/137‑1 (MQ=255) aGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGc > 2:884884/1‑137 (MQ=255) aGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTAGTTAAATCAAATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTta > 2:932668/1‑140 (MQ=255) tGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGt > 2:183484/1‑140 (MQ=255) tGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGt > 2:372259/1‑140 (MQ=255) tttAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATgcg < 1:932668/140‑1 (MQ=255) ttAGTCTATAAGATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATgcgc > 1:905728/1‑140 (MQ=255) gATATTTGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGTCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGt < 1:372259/140‑1 (MQ=255) tttGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACg < 1:321682/140‑1 (MQ=255) tttGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTAGCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACg < 1:429612/140‑1 (MQ=255) ttGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACGc > 1:473013/1‑140 (MQ=255) ttGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACGc > 2:942087/1‑140 (MQ=255) ttGGCAAAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACGc < 1:942087/140‑1 (MQ=255) | GATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAATTCAGATTTTCTTTATAAGAATAGCTGATATTTATTAAGTTAATATTAAGCAGTGAAATTTAGTCTATAAGATATTTGGC‑AAAAAAAAGCCCGGTGCAATATACGCCGGGCCTCAATTTTATTGTTGGTTAAATCAGATTAATCCAGCCATTCGGTATGGAACACACCTTCTTTATCAATACGCTTATAAGTATGCGCACCAAAATAGTCACGC > NC_000913/2099666‑2099937 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |