Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,583,535	T→C	V18A (GTG→GCG)	insA‑6 →	IS1 protein InsA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,583,535	0	T	C	100.0%	77.1 / NA	26	V18A (GTG→GCG)	insA‑6	IS1 protein InsA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (12/14);  total (12/14)

ATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATC  >  NC_000913/3583401‑3583564                                                                                                                                       |                              aTTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGTGGTGGCGCGTa                          >  1:178113/1‑140 (MQ=255) aTTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTa                          <  1:1170090/140‑1 (MQ=255)   ttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAAc                        >  1:128129/1‑140 (MQ=255)   ttCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAAc                        <  2:1225949/140‑1 (MQ=255)    tCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGCATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGCGGCGCGTAACg                       >  1:1265386/1‑140 (MQ=255)           ttACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAg                <  1:850032/140‑1 (MQ=255)             aCTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCa              <  1:253885/140‑1 (MQ=255)             aCTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCa              >  1:476581/1‑140 (MQ=255)             aCTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCa              >  1:200475/1‑140 (MQ=255)              cTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAc             <  2:594095/140‑1 (MQ=255)              cTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAc             <  2:329618/140‑1 (MQ=255)              cTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAc             <  2:128129/140‑1 (MQ=255)                  tGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAccgcc         >  1:45422/1‑140 (MQ=37)                  tGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAccgcc         >  2:1303172/1‑140 (MQ=37)                  tGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAccgcc         >  2:374401/1‑140 (MQ=37)                   gACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAccgccg        <  2:1179378/140‑1 (MQ=37)                    aCATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCgg       >  1:107568/1‑140 (MQ=25)                     cATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGa      <  1:374401/140‑1 (MQ=21)                      aTTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGAc     <  2:1161889/140‑1 (MQ=18)                       ttAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACa    <  2:200475/140‑1 (MQ=18)                        tAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAc             <  1:493981/130‑1 (MQ=17)                        tAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCAc             >  2:493981/1‑130 (MQ=17)                        tAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACAt   <  2:1325070/140‑1 (MQ=17)                         aaaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATc  >  2:1347766/1‑140 (MQ=14)                         aaaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATc  <  1:409623/140‑1 (MQ=14)                         aaaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGATGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATc  >  1:738294/1‑140 (MQ=9)                                                                                                                                       |                              ATTTCAATATTTACTTATGACATTAAAGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATC  >  NC_000913/3583401‑3583564

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑