| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,635,569 | C→T | P17S (CCA→TCA) | creA → | PF05981 family protein CreA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,635,569 | 0 | C | T | 99.2% | 404.8 / ‑4.5 | 117 | P17S (CCA→TCA) | creA | PF05981 family protein CreA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (64/52); total (64/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
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aTAATGCTGGGGTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCg > 2:1277360/1‑140 (MQ=255) aTAATGCTGGGGTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCg > 2:1068951/1‑140 (MQ=255) cTGGGGTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGaa > 1:1060836/1‑140 (MQ=255) ggggTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGaaaa > 2:1164418/1‑140 (MQ=255) gggTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGaa > 2:673101/1‑137 (MQ=255) gggTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGaa < 1:673101/137‑1 (MQ=255) gggTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAAc > 1:530592/1‑140 (MQ=255) gggTCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAAc < 1:691666/140‑1 (MQ=255) | AAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGATGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAAC > NC_000913/4635437‑4635705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |