Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,316,522 | T→C | E335E (GAA→GAG) | nusA ← | transcription termination/antitermination protein NusA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,316,522 | 0 | T | C | 94.3% | 105.2 / ‑2.3 | 35 | E335E (GAA→GAG) | nusA | transcription termination/antitermination protein NusA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (20/13); total (21/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
TCGAGAAGCCTTCTTCTACCAGAACAGTCGCGAAGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGTTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCC > NC_000913/3316389‑3316657 | tCGAGAAGCCTTCTTCTACCAGAACAGTCGCGAAGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCaa > 1:80329/1‑140 (MQ=255) tCGAGAAGCCTTCTTCTACCAGAACAGTCGCGAAGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCaa > 1:76927/1‑140 (MQ=255) cgcgAAGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCg < 2:152599/125‑1 (MQ=255) cgcgAAGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCg > 1:152599/1‑125 (MQ=255) aaGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGTTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTg > 1:11108/1‑140 (MQ=255) ttCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCATGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGt > 1:307530/1‑140 (MQ=255) tGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCa > 1:243365/1‑140 (MQ=255) tGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAgg > 1:269994/1‑140 (MQ=255) aGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGTTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTa > 1:343239/1‑140 (MQ=255) aGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTa > 1:87865/1‑140 (MQ=255) tCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGc > 2:83378/1‑140 (MQ=255) tCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGc > 1:292226/1‑140 (MQ=255) gATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCtt > 1:308666/1‑140 (MQ=255) aTCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTc < 2:269994/140‑1 (MQ=255) cTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACg > 1:352835/1‑140 (MQ=255) cTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACg > 2:18157/1‑140 (MQ=255) cgtgcgCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACg < 1:286139/137‑1 (MQ=255) cgtgcgCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACg > 2:286139/1‑137 (MQ=255) gtgcgCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGa < 2:352835/140‑1 (MQ=255) gtgcgCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGa < 2:161077/140‑1 (MQ=255) cTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATcc < 2:76927/140‑1 (MQ=255) cTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATcc < 1:18157/140‑1 (MQ=255) tCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCAt > 1:290192/1‑140 (MQ=255) caccTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATgg > 1:274149/3‑140 (MQ=255) cGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGTTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATgg < 2:343239/140‑1 (MQ=255) gCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGgt < 1:83378/140‑1 (MQ=255) tGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATcc > 2:321712/1‑129 (MQ=255) tGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATcc < 1:321712/129‑1 (MQ=255) tGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGttt > 2:144815/1‑140 (MQ=255) cTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTAt < 2:292226/140‑1 (MQ=255) ccTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCa < 2:243365/140‑1 (MQ=255) aGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGTTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCATccac < 2:11108/140‑1 (MQ=255) cgtcAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACg > 1:151455/1‑140 (MQ=255) gtcAACGGTCATCACGTTGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGa < 2:307530/140‑1 (MQ=255) tGAGCTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGcc > 2:155987/1‑140 (MQ=255) | TCGAGAAGCCTTCTTCTACCAGAACAGTCGCGAAGTCTTCGTCGATGTCGAGATATTTGGTGAAGGTGTCGATCGCTGCGTGCGCTTCCGCCTGATGCTTAGCCTGCAGGTCGTCAACGGTCATCACGTTGAGTTCCCAACCGCTCAGCTGCGAAGCCAGACGCACGTTCTGACCGTTACGGCCAATCGCCTGCGCCAGGTTACCGGCTTCAACGGCGATATCCATGGTGTGTTTATCTTCATCCACCACGATAGAAGCAACGTCTGCC > NC_000913/3316389‑3316657 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |