| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,453,103 | T→C | L178P (CTG→CCG) | ytfT → | galactofuranose ABC transporter putative membrane subunit YtfT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,453,103 | 0 | T | C | 96.0% | 78.4 / ‑4.2 | 25 | L178P (CTG→CCG) | ytfT | galactofuranose ABC transporter putative membrane subunit YtfT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (14/10); total (15/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
AATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGT > NC_000913/4452969‑4453229 | aaTTCAGCCGTTTGTCGCCTCTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGGACCTGATCGCCGCCGGGGTGATCGTCACGTTTATCTCGCCGGGTCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCGGTTGTTCCCGCCaa < 2:71421/140‑1 (MQ=255)aaTTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCaa < 2:388580/140‑1 (MQ=255) ctGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCCCCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCt < 2:365261/140‑1 (MQ=255) gATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGa > 1:169533/1‑140 (MQ=255) ccTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGc < 1:256301/140‑1 (MQ=255) ccTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGc < 2:169533/140‑1 (MQ=255) gATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTa > 1:361195/1‑140 (MQ=255) ggTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATcc > 1:49243/1‑140 (MQ=255) tCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTg > 2:312231/1‑140 (MQ=255) tCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGgcg < 2:365499/140‑1 (MQ=255) cgccgGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTgg > 1:288930/1‑140 (MQ=255) cgccgGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGCCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAGACGGCGCTgg > 2:244284/1‑140 (MQ=255) ccgGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTgggg < 2:292116/140‑1 (MQ=255) ggCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATg > 2:225610/1‑140 (MQ=255) aTCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTAt > 1:263449/1‑140 (MQ=255) gTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCg < 1:194992/140‑1 (MQ=255) ctttAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCGGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCg < 2:361195/139‑1 (MQ=255) tttAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGt < 2:275688/140‑1 (MQ=255) aTGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGggcgg > 2:135877/1‑140 (MQ=255) ggTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCa > 2:119878/1‑140 (MQ=255) tctgCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCaaaa > 1:77640/4‑140 (MQ=255) cGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCaaaaa > 1:341768/1‑140 (MQ=255) tGGATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCg > 1:74029/1‑140 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCggg > 1:221734/1‑140 (MQ=255) gATCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCggg > 1:119811/1‑140 (MQ=255) tCGCTGTTGTTCCCGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGt < 2:341768/140‑1 (MQ=255) | AATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGT > NC_000913/4452969‑4453229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |