Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,522,512 | A→G | V528A (GTT→GCT) | yjhG ← | KpLE2 phage‑like element; D‑xylonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,522,512 | 0 | A | G | 98.2% | 184.6 / ‑4.6 | 54 | V528A (GTT→GCT) | yjhG | KpLE2 phage‑like element; D‑xylonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (25/28); total (25/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
ATCAATTTTAATTTCAATTAAATCCCCGGTGCGTAATTTACCGATGGGGCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAACATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATC > NC_000913/4522379‑4522642 | atcaatTTTAATTTCAATTAAATCCCCGGTGCGTAATTTACCGATGGGGCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCt < 2:587773/140‑1 (MQ=255) atcaatTTTAATTTCAATTAAATCCCCGGTGCGTAATTTACCGATGGGGCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCt < 2:491786/140‑1 (MQ=255) tcaatTTTAATTTCAATTAAATCCCCGGTGCGTAATTTACCGATGGGGCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCtt > 1:238202/1‑140 (MQ=255) aatTTTAATTTCAATTAAATCCCCGGTGCGTAATTTACCGATGGGGCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTAc < 2:742529/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gggCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTttc > 1:625545/1‑140 (MQ=255) gggCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTttc > 2:115520/1‑140 (MQ=255) gCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTttctt > 2:77679/1‑140 (MQ=255) ccTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTttcttc < 2:317762/140‑1 (MQ=255) cTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTcc < 1:406311/140‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATcc < 2:748928/140‑1 (MQ=255) ggCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATcc < 2:238202/140‑1 (MQ=255) cgcTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTAc > 2:634381/1‑140 (MQ=255) cgcTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTAc < 1:77679/140‑1 (MQ=255) ttCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTg > 1:561272/1‑140 (MQ=255) cccACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTcc < 1:548434/140‑1 (MQ=255) cccACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTcc < 1:115520/140‑1 (MQ=255) cacaTGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCaa < 1:283798/140‑1 (MQ=255) acaTGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATC‑GTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACg > 2:446092/1‑140 (MQ=255) aTGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGc < 2:298486/140‑1 (MQ=255) tGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGcc > 1:69410/1‑140 (MQ=255) ggCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCa < 1:646695/140‑1 (MQ=255) aTGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTCTGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCaataat < 2:644871/140‑1 (MQ=255) aTGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCaataat > 2:521279/1‑140 (MQ=255) aTGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCaataat < 2:500756/140‑1 (MQ=255) cgcCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGa > 2:242708/1‑140 (MQ=255) ccccAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGa > 2:567738/3‑140 (MQ=255) aGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAatat > 2:651611/1‑140 (MQ=255) tAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATcg > 1:701282/1‑140 (MQ=255) aGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATcgc < 1:521279/140‑1 (MQ=255) aGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATcgc < 1:634381/140‑1 (MQ=255) aCGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATcgcccgc > 1:512327/1‑140 (MQ=255) gCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCt > 2:649376/1‑140 (MQ=255) gCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCt < 2:69410/140‑1 (MQ=255) cGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATcgc < 1:225707/131‑1 (MQ=255) cGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATcgc > 2:225707/1‑131 (MQ=255) gagaAACGTGCATC‑GTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTGCCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATc < 1:446092/140‑1 (MQ=255) aaCGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTg < 1:567738/140‑1 (MQ=255) cGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTc > 1:294145/1‑140 (MQ=255) cGTGCATCGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTc < 2:453343/140‑1 (MQ=255) cGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTg < 1:242708/140‑1 (MQ=255) cGGTGATTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTg > 2:642957/1‑140 (MQ=255) aTTAACGAAGCATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATc > 2:435410/1‑140 (MQ=255) | ATCAATTTTAATTTCAATTAAATCCCCGGTGCGTAATTTACCGATGGGGCCTCCGGCCAGCGCTTCTGGCCCCACATGGCCGATGCACGCGCCAGTAGAAACGCCCGAGAAACGTGCATCGGTGATTAACGAAACATGCTTACCGTATGACAGATGCTTCAGGGCACTGGTAACCTGGTAGGTTTCTTCCATCCCTGTACCTGAAGGTCCAACGCCAATAATGACCAGAATATCGCCCGCCTTGATCTTGTCATGTTTGATATC > NC_000913/4522379‑4522642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |