Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,346,121 | C→T | G208S (GGC→AGC) | pdeR ← | cyclic di‑GMP phosphodiesterase PdeR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,346,121 | 0 | C | T | 97.4% | 133.8 / ‑5.6 | 39 | G208S (GGC→AGC) | pdeR | cyclic di‑GMP phosphodiesterase PdeR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (19/19); minor base A (1/0); total (20/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCCTGCATTGCGTTACGATTCGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCCGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTGCGCCTGGATGCCGCAGCTTCACGACGG > NC_000913/1345985‑1346257 | tCCTGCATTGCGTTACGATTCGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTgctgct < 1:699305/140‑1 (MQ=255) cGTTACGATTCGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAAt > 2:102722/1‑140 (MQ=255) cGTTACGATTCGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAAt > 2:685403/1‑140 (MQ=255) gATTCGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTg < 1:408221/140‑1 (MQ=255) cGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCgaa > 2:397415/1‑140 (MQ=255) cGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCgaa > 2:581656/1‑140 (MQ=255) cGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCgaa > 1:198591/1‑140 (MQ=255) cGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCgaa > 1:667272/1‑140 (MQ=255) aTACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCg < 2:670112/140‑1 (MQ=255) aCTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCt < 1:510250/140‑1 (MQ=255) aCTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCt > 2:65675/1‑140 (MQ=255) cTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTg > 1:650792/1‑140 (MQ=255) tGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTgg > 2:210699/1‑140 (MQ=255) gTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGc < 1:581656/140‑1 (MQ=255) tCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCAGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGcc > 2:757403/1‑140 (MQ=255) cGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCt < 1:397415/140‑1 (MQ=255) cGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCt > 1:205047/1‑140 (MQ=255) ggTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCtt < 2:752312/140‑1 (MQ=255) gTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCttt < 2:12226/140‑1 (MQ=255) tGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATg < 1:757403/140‑1 (MQ=255) aaTACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTg < 1:154497/123‑1 (MQ=255) aaTACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTg > 2:154497/1‑123 (MQ=255) gCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCg < 2:198591/140‑1 (MQ=255) tCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGAc < 2:728261/140‑1 (MQ=255) tCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGAc < 1:114074/140‑1 (MQ=255) tGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTc < 2:75017/140‑1 (MQ=255) gAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCa < 2:205047/140‑1 (MQ=255) ggcgCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCa > 1:224136/1‑140 (MQ=255) ggcgCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCa > 1:109454/1‑140 (MQ=255) tCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGaaaaaa > 2:471184/1‑140 (MQ=255) ggTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCtt > 1:97770/1‑130 (MQ=255) ggTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCtt < 2:97770/130‑1 (MQ=255) ggTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATa < 2:109454/140‑1 (MQ=255) ggTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATa > 1:114208/1‑140 (MQ=255) tGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATaca < 1:772429/140‑1 (MQ=255) aCAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTAt < 2:667272/140‑1 (MQ=255) gATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTgc > 1:528109/1‑140 (MQ=255) gTTTTTGCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTGCGCCTGGATGCCGCAg > 1:225288/1‑140 (MQ=255) gCCACTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTGCGCCTGGATGCCGCAGCTTCac > 1:191796/1‑140 (MQ=255) aCTGCTGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTGCGCCTGGATGCCGCAGCTTCacgac < 2:250058/140‑1 (MQ=255) tgctgcTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTGCGCCTGGATGCCGCAGCTTCACGACgg < 2:650792/140‑1 (MQ=255) | TCCTGCATTGCGTTACGATTCGGCAGTCCGGTGATACTGTCGGTATTTGCCAGAATACGCAGTCGCTCCTGAGCGCGGCGCTCTTCGGTAATGTCGGTGCCGGAACAGATTAAAAAAATCTCGTTTTTGCCACTGCCGCTGTGGACAAATTTATTGCGAAACAGAAACAGCCGCTGGCCTTTACATGTTGGTATCCACAGTTCGACTTCATATGCATTGCCGCTTCGAAAAAATACACGGTTATTGCGCCTGGATGCCGCAGCTTCACGACGG > NC_000913/1345985‑1346257 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |