| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,577,067 | (C)6→7 | coding (892/1047 nt) | mcrC ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,577,061 | 1 | . | C | 95.2% | 67.3 / ‑3.0 | 21 | coding (898/1047 nt) | mcrC | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme subunit McrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (12/8); total (13/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
ATTCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGC > NC_000913/4576923‑4577187 | atTCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑c < 1:10115/140‑1 (MQ=255) ttCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑cc > 2:403171/1‑140 (MQ=255) ttCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑cc < 2:244502/140‑1 (MQ=255) gAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCg < 1:9470/140‑1 (MQ=255) taCACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTaa < 1:116393/140‑1 (MQ=255) taCACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTaa > 2:116393/1‑140 (MQ=255) taCACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTaa < 1:403171/140‑1 (MQ=255) ggCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTa > 1:286067/1‑134 (MQ=255) ggCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTa < 2:286067/134‑1 (MQ=255) ggCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGAcc > 1:55641/1‑140 (MQ=255) cATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATa > 2:96507/1‑140 (MQ=255) aCCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATtc > 1:1114/1‑140 (MQ=255) ccTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTGTAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATtca > 1:394224/1‑140 (MQ=255) aaTTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTATAAC‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGt > 2:150972/1‑140 (MQ=255) gCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGc > 2:69862/1‑140 (MQ=255) tatCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATg > 2:280615/1‑140 (MQ=255) tGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTg > 1:75481/1‑140 (MQ=255) aCTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGaaaaaa < 1:354157/140‑1 (MQ=255) aCTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGaaaaaa < 1:280615/140‑1 (MQ=255) aCTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGaaaaaa < 2:55641/140‑1 (MQ=255) tGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATg < 2:75481/140‑1 (MQ=255) gTGGGGATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTAt > 1:396686/1‑140 (MQ=255) gggATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTg > 2:392712/1‑140 (MQ=255) gATATATTAATAACCCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGc > 2:358876/1‑140 (MQ=255) | ATTCATCGAAAATGTCGAGTAATTCTTGATGTATACACGGCCATTCCTGACCTAAATTGACGGTACACAAGCCAATATCGAAGCCATTAATTTTATAACGATGTTTCACTGCGGTATCTACGTGGGGATATATTAATAA‑CCCCCCTATGTTTTCGCCATTTTCAGGCTTTAACGACCATAAGTAATTCATCAGTTGATAAAGATTTTGCGAATGAAATTTTTCTGTTCCCATTCGTCGTGAAAAAATGCTCTTATAGTATTTGGC > NC_000913/4576923‑4577187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |