| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,421,762 | (T)7→8 | coding (438/1104 nt) | yhdY → | putative ABC transporter membrane subunit YhdY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,421,755 | 1 | . | T | 98.2% | 174.1 / ‑3.7 | 55 | coding (431/1104 nt) | yhdY | putative ABC transporter membrane subunit YhdY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (24/30); total (25/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GG‑‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATA > NC_000913/3421619‑3421886 | cGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GG‑‑ttt > 2:1156556/1‑140 (MQ=255)cGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GG‑‑ttt > 1:335967/1‑140 (MQ=255) ttAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GG‑‑ttttttt > 1:824267/1‑140 (MQ=255) ttAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GG‑‑ttttttt < 1:1129685/140‑1 (MQ=255) aTTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAg < 2:906641/140‑1 (MQ=255) aTTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAg > 1:545659/1‑140 (MQ=255) ttACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑c < 1:1024760/140‑1 (MQ=255) ttACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑c < 1:562135/140‑1 (MQ=255) ttACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑c < 2:545659/140‑1 (MQ=255) ttACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑c < 2:651165/140‑1 (MQ=255) tGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTTCTCTTTAG‑Cgggg > 2:1166549/1‑139 (MQ=255) tGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGt < 2:335967/140‑1 (MQ=255) ttGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGa > 2:544090/1‑140 (MQ=255) ttGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGa > 2:1048401/1‑140 (MQ=255) gCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTTCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAcc > 1:780486/1‑140 (MQ=255) gCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAcc < 2:209163/140‑1 (MQ=255) gCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAcc < 1:594445/140‑1 (MQ=255) cTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAcc > 1:1173921/1‑139 (MQ=255) cTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAcc < 2:1173921/139‑1 (MQ=255) cTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGGTGAAAccc > 1:357003/1‑140 (MQ=255) gtCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCaa < 1:544090/140‑1 (MQ=255) tCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAACCCCGGCAAt < 2:780486/140‑1 (MQ=255) aTCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGTTCTTGAG‑CGGGGTGGAAACCGGGAATggg > 2:430481/1‑140 (MQ=255) aTCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATggg > 1:517608/1‑140 (MQ=255) aCCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGgggcggg > 1:625241/1‑140 (MQ=255) ttCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGACTGACGc < 1:430481/140‑1 (MQ=255) tCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCt < 2:1113726/140‑1 (MQ=255) tCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCt < 1:1048401/140‑1 (MQ=255) cTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTa < 2:357003/140‑1 (MQ=255) gAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACt > 1:438407/1‑140 (MQ=255) tACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAat < 2:625241/140‑1 (MQ=255) tACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAat < 1:212274/140‑1 (MQ=255) aCTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGATGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAATCCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAatt < 1:130816/140‑1 (MQ=255) ccGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGTTTTTTTTTTTTCTTTAG‑CGGGGTGAAAACCGGCAATGGGGGGGGCTGGCGCTAACTTTTattatt > 1:591002/1‑140 (MQ=255) gCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCa < 1:908640/140‑1 (MQ=255) cgGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt < 2:824267/140‑1 (MQ=255) cgGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt < 1:204778/140‑1 (MQ=255) atTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCgg < 2:884797/140‑1 (MQ=255) gCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTTCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAACCGGCCATGGGGGGGGCTGGCGCCAACTTTAATTATTTCATCAGTTGGGGTTGTggggg > 2:880074/1‑140 (MQ=255) ggCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGgcg < 1:1156556/140‑1 (MQ=255) ccTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGGTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTTCATCAGTTGGGGTTGCGGGGGGGCt > 1:1108755/1‑140 (MQ=255) tGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTTCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCCGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGGTTGCGGGGGGGCTAc > 2:497606/1‑140 (MQ=255) ggTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTgg < 2:438407/140‑1 (MQ=255) gTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTggg < 1:593671/140‑1 (MQ=255) gATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGG‑‑TTTTTTTGGTCTTTTGCCGGTTTGAAACCC‑GCAATTGGGCGGGGGGGAGCTAACTTTTATTTTTGCATTAGGTGGGGTTGTGGGGGGGCTACCGTggggg > 2:593671/1‑140 (MQ=255) tACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTTCTCTTGAG‑CGGGGTGGAAACCCGCCATGGGGGGGGGTGGCCCCAACTTTTATTTTTTCATCAGTTGGGGTTTCGGGGGGGCCACCCTGGGGGGTCt > 2:361122/1‑140 (MQ=255) cccACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGT‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAGCCCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTa < 2:671004/140‑1 (MQ=255) ccACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTAc < 2:1017099/140‑1 (MQ=255) aCTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTg > 2:131324/1‑140 (MQ=255) cTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTgg < 1:1166549/140‑1 (MQ=255) tGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAAACCCGCAAAGGGGGGGGCTGGCGCTAACTTTTATTATTTCATCAGTTGGGGTTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGGTCTTACTGGc > 2:842702/1‑140 (MQ=255) gtggCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGGTTGCGGGGGGGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGgcgc > 2:339212/1‑140 (MQ=255) gtggCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGGTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTcgc > 1:694079/1‑140 (MQ=255) ggCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTcgccg < 1:842702/140‑1 (MQ=255) ggCTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCCTGGGGGGTCTTACTTGCGTTAGGTcgccc > 1:731301/1‑139 (MQ=255) cTGATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCt < 1:854569/140‑1 (MQ=255) gATGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTTATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTcc > 1:806083/1‑140 (MQ=255) tGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGTGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCt < 2:571213/136‑1 (MQ=255) tGTATGGC‑GGT‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGTGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCt > 1:571213/1‑136 (MQ=255) tATGGC‑GGT‑TTTTTTTTCTCTTTAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTTATTTTTTCATCAGTTGGGGTTGCGGGGGGGGTACCGTGGGGGGTCTTTCTGGGGGTTGGTCGCCGCCCCCcta > 2:1146331/1‑140 (MQ=255) | CGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGC‑GG‑‑TTTTTTTGCTCTTGAG‑CGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATA > NC_000913/3421619‑3421886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |