| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 321,564 | (G)7→8 | intergenic (+483/‑44) | rclR → / → ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 321,557 | 1 | . | G | 98.4% | 229.6 / ‑3.3 | 64 | intergenic (+476/‑51) | rclR/ykgE | DNA‑binding transcriptional activator RclR/putative lactate utilization oxidoreductase YkgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (26/37); total (26/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAA > NC_000913/321418‑321691 | aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt > 2:529297/1‑140 (MQ=255) gCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑‑g < 1:694200/140‑1 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑‑gg < 1:150095/140‑1 (MQ=255) gATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTTATGATTGATCCCCCGGT‑‑ggg < 2:982802/140‑1 (MQ=255) 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1:376260/140‑1 (MQ=255) gATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTa < 1:338941/140‑1 (MQ=255) aaaGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAg < 2:539460/140‑1 (MQ=255) tATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:170506/123‑1 (MQ=255) tATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa > 1:170506/1‑123 (MQ=255) gTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAt > 1:228883/1‑140 (MQ=255) tCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAtt < 2:772680/140‑1 (MQ=255) tCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAtt > 2:325934/1‑140 (MQ=255) cATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGGGGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAAtt < 1:947800/140‑1 (MQ=255) cAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCttt < 1:226590/140‑1 (MQ=255) aaTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGt < 2:83798/140‑1 (MQ=255) aTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc > 2:489285/1‑140 (MQ=255) aTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc < 2:225181/140‑1 (MQ=255) aTGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACAGCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTc > 2:956784/1‑140 (MQ=255) tGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑‑GGGGGGGAAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCa < 1:956784/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:464702/140‑1 (MQ=255) gAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAc < 2:824057/140‑1 (MQ=255) agacagggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCAcc < 1:1040493/134‑1 (MQ=255) 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1:795586/1‑140 (MQ=255) tGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACg > 2:847322/1‑140 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa < 1:23112/136‑1 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa > 2:23112/1‑136 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc < 1:1026639/140‑1 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGcc > 2:476372/1‑140 (MQ=255) 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1:325934/140‑1 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 1:334882/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 2:333932/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg < 1:628011/140‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa < 1:1019642/129‑1 (MQ=255) aTTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGa > 2:1019642/1‑129 (MQ=255) ttAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATc < 2:795586/140‑1 (MQ=255) aaaaGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTA‑TGGTGACGCCCTGAAATCAAGaa < 1:844962/140‑1 (MQ=255) cGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCAc > 1:1029949/1‑140 (MQ=255) cATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACgag < 1:812282/140‑1 (MQ=255) atttattGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACt < 2:1029949/140‑1 (MQ=255) tttattGATGATTGATCCCCCGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTc < 1:847322/140‑1 (MQ=255) 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ccGGTG‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTATATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGaaaaa > 2:507502/1‑140 (MQ=255) | AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑‑GGGGGGG‑AAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAA > NC_000913/321418‑321691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |