Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,292,985 | C→T | V117V (GTG→GTA) | rsmI ← | 16S rRNA 2'‑O‑ribose C1402 methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,292,985 | 0 | C | T | 98.3% | 197.1 / ‑5.3 | 58 | V117V (GTG→GTA) | rsmI | 16S rRNA 2'‑O‑ribose C1402 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/29); minor base A (1/0); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATGGCTTTTAGCGCATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGCACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGTTTCAGCTT > NC_000913/3292859‑3293118 | aaTGGCTTTTAGCGCATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATcc < 1:704136/140‑1 (MQ=255) aTGGCTTTTAGCGCATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTTGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATccc < 1:921073/140‑1 (MQ=255) cgcATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGc < 1:729032/140‑1 (MQ=255) cATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATccc > 1:213978/1‑127 (MQ=255) cATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATccc < 2:213978/127‑1 (MQ=255) cATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAg > 1:122297/1‑140 (MQ=255) tCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAggg > 2:375931/1‑139 (MQ=255) tCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGt > 1:627422/1‑140 (MQ=255) cACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTa < 2:18586/140‑1 (MQ=255) cggcggCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACg < 2:122297/140‑1 (MQ=255) cggcggCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACg < 2:676056/140‑1 (MQ=255) ccTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAg > 1:692117/1‑140 (MQ=255) ccTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAACACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAg > 1:1061016/1‑140 (MQ=255) ctgttGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGa < 2:1005636/137‑1 (MQ=255) tttGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATg < 1:136855/140‑1 (MQ=255) tGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGt < 1:828755/140‑1 (MQ=255) tGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGt > 2:985374/1‑140 (MQ=255) tttGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGc < 2:21319/140‑1 (MQ=255) ttGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGcc < 1:399306/140‑1 (MQ=255) ggCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAg < 2:569147/140‑1 (MQ=255) ggCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAg > 2:438186/1‑140 (MQ=255) ggCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAg < 1:985374/140‑1 (MQ=255) ttCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAgcg < 1:864582/140‑1 (MQ=255) gAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCgg < 2:692117/140‑1 (MQ=255) gAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAACACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCgg < 2:1061016/140‑1 (MQ=255) aaaCGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGAACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGc > 1:72799/1‑140 (MQ=255) aCGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCAt > 1:177718/1‑140 (MQ=255) gTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCgg > 1:682072/1‑140 (MQ=255) gTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGGACGCACCAGAAGGTTGCCAGGGTCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCgg > 2:1028295/1‑140 (MQ=255) agagGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACA‑GGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAgcgg > 2:986272/1‑122 (MQ=255) agagGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACA‑GGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAgcgg < 1:986272/122‑1 (MQ=255) gagGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACAACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAAc > 2:565463/1‑140 (MQ=255) aaCCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCa > 1:385077/1‑125 (MQ=255) aaCCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCa < 2:385077/125‑1 (MQ=255) aaCCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCa < 1:1028295/140‑1 (MQ=255) cTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGttt > 1:592546/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGttt > 1:1062317/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGttt > 2:967595/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGttt > 2:910324/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGttt > 1:778760/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGttt > 1:291750/1‑140 (MQ=255) cgcTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGc < 1:375931/140‑1 (MQ=255) gcTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGcc < 1:967595/140‑1 (MQ=255) gcTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGcc < 2:778760/140‑1 (MQ=255) aGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCa < 2:1062317/140‑1 (MQ=255) gTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAg > 2:29628/1‑140 (MQ=255) tGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGc > 1:791877/1‑140 (MQ=255) gcaCACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCcag > 1:584521/1‑140 (MQ=255) gcaCACGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCcag > 2:804637/1‑140 (MQ=255) cacaCGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCcagc > 1:67022/1‑140 (MQ=255) cacaCGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCcagc < 2:584521/140‑1 (MQ=255) acacGGCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCcagca > 1:493432/1‑140 (MQ=255) ggCCCGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGt > 1:845644/1‑140 (MQ=255) cGGGTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGTTTCa < 1:438186/140‑1 (MQ=255) gTAGCGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGTTTCAGCt < 2:67022/140‑1 (MQ=255) tAGCGGTACCACGCGGATCCCAGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGTTTCAGCtt < 2:250329/140‑1 (MQ=255) cGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGttt > 1:193852/1‑131 (MQ=255) cGGTACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGttt < 2:193852/131‑1 (MQ=255) | AATGGCTTTTAGCGCATCACGGCGGCCTTTTGATTTGGCAGGTAAAAAGCCTTCGTAACAGAAACGGTCAGAGGGTAAACCCGCTGCGCTTAACGCAGTGATAGCAGCACACGGCCCGGGTAGCGGCACCACGCGGATCCCCGCTTCACGGCAGGTACGCACCAGATGGTAGCCAGGATCGTTAATTAGCGGCGTTCCGGCATCGGAAACCAGCGCAATGTTTTGCCCCTCTTGCAGCTTCGCCAGCAGCGTTTCAGCTT > NC_000913/3292859‑3293118 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |