| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 57,230 | A→G | intergenic (‑121/‑134) | lptD ← / → djlA | lipopolysaccharide assembly protein LptD/co‑chaperone protein DjlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 57,230 | 0 | A | G | 98.9% | 309.9 / ‑4.5 | 87 | intergenic (‑121/‑134) | lptD/djlA | lipopolysaccharide assembly protein LptD/co‑chaperone protein DjlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (35/51); total (35/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
GGATACGTTTTTTCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCACGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGAATATATG > NC_000913/57094‑57366 | ggATACGTTTTTTCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCgg < 2:277750/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTg > 1:448009/1‑140 (MQ=255) ttttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGaa > 1:102017/1‑140 (MQ=255) ttttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGaa < 1:114375/140‑1 (MQ=255) ttttttCATACGCTGATTTTACTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGGGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGCGTTAGGCGCGGCATGGaa > 2:185556/1‑140 (MQ=255) ttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATg > 1:429423/1‑140 (MQ=255) ttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATg < 2:82239/140‑1 (MQ=255) ttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATg < 2:760986/140‑1 (MQ=255) ttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATg < 1:357624/140‑1 (MQ=255) ttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATg < 2:179473/140‑1 (MQ=255) ttttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATg < 2:485276/140‑1 (MQ=255) tttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGa < 1:666269/140‑1 (MQ=255) ttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGAc < 2:102017/140‑1 (MQ=255) ttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGAc < 1:456824/140‑1 (MQ=255) ttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGAc < 2:429423/140‑1 (MQ=255) ttCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGAc < 2:712950/140‑1 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cGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCcac > 1:221214/1‑140 (MQ=255) gcgcGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAgg > 2:107715/1‑125 (MQ=255) gcgcGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAgg < 1:107715/125‑1 (MQ=255) gcgcGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAAtt > 1:62904/1‑140 (MQ=255) gcgcGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAAtt > 1:259232/1‑140 (MQ=255) cgcgTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTg > 2:153572/1‑140 (MQ=255) 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tgtTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGc > 1:4758/1‑140 (MQ=255) ttAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGccc < 2:4758/140‑1 (MQ=255) tAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCt < 1:467241/140‑1 (MQ=255) aTCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGa > 2:206683/1‑140 (MQ=255) ccTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGata > 1:239333/1‑140 (MQ=255) gTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATcc > 1:821154/1‑140 (MQ=255) 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aGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTgg < 2:663682/140‑1 (MQ=255) aGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTgg < 2:112095/140‑1 (MQ=255) aGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTgg < 1:309229/140‑1 (MQ=255) aGTGGTGTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTgg < 2:239333/140‑1 (MQ=255) gtggtgTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTggg > 2:46810/1‑140 (MQ=255) ggtgTTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGa < 1:206683/140‑1 (MQ=255) tgtTAGGCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGAat < 1:1011038/140‑1 (MQ=255) ggCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGAATATATg < 1:81382/140‑1 (MQ=255) ggCGCGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGAATATATg < 2:448009/140‑1 (MQ=255) | GGATACGTTTTTTCATACGTTGATTTTATTGTTCCATCATCGGTAACGTTGCGCGTGACAAACGGTCAGAGACTAACGTACTCGTCATCTCTACGCTAGTGTTAATCCTGTCCGAATAGCGTCAGTGGTGTTAGGCACGGCATTGAATGACAGGTATGATAATGCAAATTATAGGCGATGTCCCACAATTGACCGCAGCCGGAAAACGGTAAAAGCACCTTTATATTGTGGGAGATAGCCCTGATATCCGTGTGTCGATTTGGGGAATATATG > NC_000913/57094‑57366 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |