| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,915,448 | (G)6→7 | intergenic (‑248/+105) | glmU ← / ← atpC | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,915,442 | 1 | . | G | 94.2% | 177.9 / 3.2 | 52 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | fused N‑acetylglucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase and glucosamine‑1‑phosphate acetyltransferase/ATP synthase F1 complex subunit epsilon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base G (19/30); total (22/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACT > NC_000913/3915308‑3915575 | tATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggggg < 1:966553/140‑1 (MQ=255)tATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggggg < 2:668656/140‑1 (MQ=255)tATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggggg < 2:281379/140‑1 (MQ=255) tCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggggggg > 1:153508/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) gACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTatat > 1:943849/1‑140 (MQ=255) gACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggggg > 1:943293/1‑130 (MQ=255) gACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑ggggg < 2:943293/130‑1 (MQ=255) cGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATca > 2:727832/1‑140 (MQ=255) gAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATcag < 2:354597/140‑1 (MQ=255) gAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATcag < 1:884642/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAAc > 2:603692/1‑140 (MQ=255) ccATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACg < 1:632822/140‑1 (MQ=255) tCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTa < 2:879600/140‑1 (MQ=255) cGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAgg < 1:603692/140‑1 (MQ=255) gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTca > 1:55917/1‑140 (MQ=255) cAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACAcgc > 2:442181/1‑140 (MQ=255) cAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagcc < 2:153508/140‑1 (MQ=255) tACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagc > 2:494484/1‑140 (MQ=255) aCCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc > 1:925892/1‑140 (MQ=255) aCCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc > 1:137103/1‑140 (MQ=255) tAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGtt < 1:494484/140‑1 (MQ=255) aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGttt > 1:30403/1‑140 (MQ=255) tttAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc > 2:21920/1‑133 (MQ=255) tttAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc < 1:21920/133‑1 (MQ=255) aGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc < 1:225242/129‑1 (MQ=255) aGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc < 2:471708/129‑1 (MQ=255) aGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc > 1:471708/1‑129 (MQ=255) aGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc > 2:225242/1‑129 (MQ=255) 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aaaCAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTg < 2:184320/140‑1 (MQ=255) aaaCAGGAAAACAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTg < 2:925892/140‑1 (MQ=255) aaaaCAGGGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACt > 1:544431/1‑140 (MQ=255) | TATCCCCGCTGACGAAAGCGCCATTTTCGACCATCGTCACGCCTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGGGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGCTTTTCAAGCCGGTGTTACATCGCTTTTTTGGTCAACT > NC_000913/3915308‑3915575 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |