| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,207,942 | (G)7→9 | coding (442/630 nt) | ycfK → | e14 prophage; protein StfP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,207,935 | 1 | . | G | 97.5% | 138.2 / ‑3.2 | 40 | coding (435/630 nt) | ycfK | e14 prophage; protein StfP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (22/17); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,207,935 | 2 | . | G | 97.5% | 139.3 / ‑3.2 | 40 | coding (435/630 nt) | ycfK | e14 prophage; protein StfP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (22/17); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
AGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCT‑‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGT > NC_000913/1207803‑1208065 || AGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCT‑‑ggggggg < 2:282608‑M1/140‑1 (MQ=255) GGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCt‑‑gggggggg > 2:311739‑M1/1‑139 (MQ=255) gCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCT‑‑gggggggggat < 1:282608/140‑5 (MQ=255) cTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAAt > 1:331040/1‑140 (MQ=255) cAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATAc < 2:331040/140‑1 (MQ=255) aaTGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACa > 1:16534/1‑140 (MQ=255) aaTGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACa > 2:842550/1‑140 (MQ=255) aaTGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACa > 2:734674/1‑140 (MQ=255) gCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCg > 1:591208/1‑140 (MQ=255) tAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGt < 2:62286/140‑1 (MQ=255) tAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTg > 2:443027/1‑140 (MQ=255) tAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGGGGGGGCGGACTGCCGCAGAAGCATC‑TG‑CCTCT‑‑TGGGGGGATGGTAAGACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGcc > 2:253055/1‑140 (MQ=255) ataCCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCgtt < 2:827607/140‑1 (MQ=255) cGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGttgttg < 1:217899/140‑1 (MQ=255) gTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGttgttg > 1:575556/1‑138 (MQ=255) gTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGttgttg < 2:575556/138‑1 (MQ=255) aTGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAAt < 1:364937/140‑1 (MQ=255) aTGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGAGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAAt > 2:364937/1‑140 (MQ=255) tggtATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACaa > 1:854855/1‑140 (MQ=255) tATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGt > 2:26588/1‑140 (MQ=255) ttGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCa < 2:854855/140‑1 (MQ=255) ttGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCa < 2:669717/140‑1 (MQ=255) gAGCAATCAGGAAATATTCAGGGGGGGGTGAATGCCCCCAAAGGTTCTTGCCCTGG‑‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgc < 2:663962/140‑1 (MQ=255) aGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAgcg > 2:797514/1‑140 (MQ=255) cAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa < 1:734674/140‑1 (MQ=255) aTCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCAcc < 1:797514/140‑1 (MQ=255) cAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTg > 2:765952/1‑140 (MQ=255) aGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTgg < 1:443027/140‑1 (MQ=255) gTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa < 1:159618/123‑1 (MQ=255) gTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCa > 2:159618/1‑123 (MQ=255) ggTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACgg > 2:543020/1‑140 (MQ=255) tGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACgggg < 1:842550/140‑1 (MQ=255) gggAATGCCGCAAAAGTATC‑TG‑CCTTTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACgggg < 2:645682/139‑1 (MQ=255) gAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCGCCTATCAATGCAGTGGCACCgggggg > 1:872086/1‑140 (MQ=255) aTGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGat > 1:174935/1‑140 (MQ=255) ccGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGatatg > 1:88181/1‑139 (MQ=255) ccGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGatatg > 2:828600/1‑139 (MQ=255) cGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggggg < 1:321086/133‑1 (MQ=255) cGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggggg > 2:321086/1‑133 (MQ=255) cAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATGCaa > 2:332192/1‑140 (MQ=255) cAAAAGCATC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATGCaa > 1:173520/1‑140 (MQ=255) tC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggggg < 2:434190/123‑1 (MQ=255) tC‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACggggg > 1:434190/1‑123 (MQ=255) c‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATGCAACCACTTCGt < 1:765952/140‑1 (MQ=255) c‑TG‑CCTCTGGGGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATGCAACCACTTCGt < 1:332192/140‑1 (MQ=255) || AGGAGCAAAACTCAATGCAGCAACGGCTACATTAGGACGCACCGGTTTCATAGCTATACCGGTTATGATTGGTGGTATTGAGCAATCAGTAATCATTCAGTGGGGGTGGAATGCCGCAAAAGCATC‑TG‑CCTCT‑‑GGGGGGGATGGAAATACAGTTGTATTCCCGGTTGCGTTTAATAATGCCTGTGTTGCCGTTGTTGCAAATTATGACAATGTCAGCGCACCTATCAATGCAGTGGCAACGGGGGGATATACAACCACTTCGT > NC_000913/1207803‑1208065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |