Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,709,258 | (T)6→7 | coding (117/1059 nt) | rsxD → | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,709,252 | 1 | . | T | 97.6% | 140.4 / ‑3.3 | 41 | coding (111/1059 nt) | rsxD | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base T (24/16); total (24/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
AGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGG‑TTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAG > NC_000913/1709134‑1709385 | aGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTActct > 1:237345/1‑140 (MQ=255) aGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTActc > 2:372407/1‑139 (MQ=255) aGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTActc < 1:372407/139‑1 (MQ=255) aGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGG‑tttttttggt < 1:505585/129‑5 (MQ=255) aGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGG‑tttttttggt > 2:505585/1‑125 (MQ=255) gACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCg < 1:818592/140‑1 (MQ=255) cTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGtt < 2:344371/140‑1 (MQ=255) cAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTg < 1:7398/140‑1 (MQ=255) aTAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCAt < 2:759783/140‑1 (MQ=255) ctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGt < 2:237345/140‑1 (MQ=255) ctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGt < 1:140954/140‑1 (MQ=255) ctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGt > 1:359474/1‑140 (MQ=255) tCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTg > 1:785236/1‑140 (MQ=255) ccccTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGG‑TTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGct < 1:67901/140‑1 (MQ=255) cccTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGct < 2:785236/140‑1 (MQ=255) cATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCg > 2:481386/1‑140 (MQ=255) aTAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGa > 1:897883/1‑140 (MQ=255) tAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGaa > 1:739216/1‑140 (MQ=255) cgcCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCg > 1:285878/1‑140 (MQ=255) ccAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTa > 1:544923/1‑140 (MQ=255) cgcgCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACt > 1:657925/1‑140 (MQ=255) ttGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCgg > 1:585632/1‑140 (MQ=255) gtgtTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGt > 1:413798/1‑134 (MQ=255) gtgtTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGt < 2:413798/134‑1 (MQ=255) gtTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGcc > 1:112001/1‑140 (MQ=255) gCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCTGTAGCCGCa > 1:385734/1‑140 (MQ=255) gCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCa > 1:704456/1‑140 (MQ=255) gCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCa < 2:739216/140‑1 (MQ=255) gCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCa < 2:285878/140‑1 (MQ=255) cTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCaa > 2:814754/1‑140 (MQ=255) aGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTg > 2:572614/1‑140 (MQ=255) tGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa > 1:4286/1‑140 (MQ=255) tGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa > 1:416049/1‑140 (MQ=255) tGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa > 1:260362/1‑140 (MQ=255) ggAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa < 2:122652/135‑1 (MQ=255) ggAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGa > 1:122652/1‑135 (MQ=255) aaTCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCa > 2:228574/1‑140 (MQ=255) aaTCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCa > 2:147720/1‑140 (MQ=255) cAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCTGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGa < 2:385734/140‑1 (MQ=255) cAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGa < 2:544923/140‑1 (MQ=255) cAACTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGa < 2:704456/140‑1 (MQ=255) aaCTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGAc < 1:228574/140‑1 (MQ=255) cTGTGGTTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAg > 1:157664/1‑140 (MQ=255) | AGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGG‑TTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAGTGCTCTGTTAGCCGAAGCTCTCGTACTCAAACTACGCAAGCAGTCGGTAGCCGCAACGTTGAAAGATAACTCAGCATTGCTGACAG > NC_000913/1709134‑1709385 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |