Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,802,005 | T→C | intergenic (‑6/+34) | waaJ ← / ← waaO | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase/UDP‑D‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,3‑glucosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,802,005 | 0 | T | C | 100.0% | 183.7 / NA | 52 | intergenic (‑6/+34) | waaJ/waaO | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase/UDP‑D‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,3‑glucosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (23/29); total (23/29) |
ACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAA > NC_000913/3801871‑3802134 | acCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCt < 1:317056/140‑1 (MQ=255) cTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTta > 1:410535/1‑140 (MQ=255) cacCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTatat < 1:422124/140‑1 (MQ=255) tCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCCTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTatat < 2:624893/135‑1 (MQ=255) tCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCCTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTatat > 1:624893/1‑135 (MQ=255) aGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACtt < 1:1189/140‑1 (MQ=255) aGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACtt < 1:950961/140‑1 (MQ=255) tAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGtt > 1:622213/1‑140 (MQ=255) gCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTc < 2:790839/140‑1 (MQ=255) aTCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTccc < 2:605549/140‑1 (MQ=255) acacCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGtt > 1:878270/1‑140 (MQ=255) aTTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCt > 2:36779/1‑140 (MQ=255) aTTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCt > 2:413230/1‑140 (MQ=255) ttAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCttt > 2:218954/1‑140 (MQ=255) aCATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAACGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCaa < 2:155674/140‑1 (MQ=255) gAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCaataaaata < 2:60170/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ctagcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTa > 1:628145/1‑140 (MQ=255) ctagcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTa < 1:413230/140‑1 (MQ=255) ctagcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTa > 2:293519/1‑140 (MQ=255) gcCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAAt < 1:231393/140‑1 (MQ=255) ccGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATc > 2:410702/1‑140 (MQ=255) ccGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATc > 2:626029/1‑140 (MQ=255) cccAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGa < 1:700166/140‑1 (MQ=255) aGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGatat < 1:293519/140‑1 (MQ=255) tttAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTAt < 1:933800/140‑1 (MQ=255) aaCTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTAt > 1:941217/1‑137 (MQ=255) aaCTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTAt < 2:941217/137‑1 (MQ=255) tttATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCtttt < 1:837801/140‑1 (MQ=255) tatctatcTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTAt < 1:650836/132‑1 (MQ=255) tatctatcTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTAt > 2:650836/1‑132 (MQ=255) tatctatcTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTa > 1:178773/1‑140 (MQ=255) ctctATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCatat > 2:196410/1‑140 (MQ=255) ctctATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCatat > 2:553124/1‑140 (MQ=255) aTGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCCACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGttt < 2:878270/140‑1 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ACCTACACCATCAAGATAATTAGCATCGACACCATAGGCAACATTTAAACATTCAGAAGTATTTATATTAGCTAGCCGAAAATCCCAGGCTTTAACTTTATCTATCTCTATGGCAGGAAATGAGTCCACAATGCTACCCTTATATCATTACTTTATAGTTTCCCAGTTTTAATGCTTTATCTTTTCAATAAAATAAAAAAGATAGTTGCTAAATCCTTTTAGATATCTATGCTTTTTAAGCATATGTTTTGCGCTATATCTTAA > NC_000913/3801871‑3802134 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |